توفي الامام أمير المؤمنين في السنة الأربعين للهجرة النبوية، فانطلق روحه الفاتح إلى عالم الملكوت، وتحرر من هذه الدنيا التي كانت تضيق به، فنقل الامامان السبطان الجسد الطاهر الزكي إلى ربوة بظهر الكوفة يقال لها «النجف» ودفنوه هناك سراً.
لقد شيدت أركان الاسلام بساعد أمير المؤمنين حيث قصم بسيفه ظهر الكفر، وجدع أنف الشرك وعبد ة الأصنام، وضحى بكلّ ما أتاه الله لتنتشر تعاليم الاسلام في الجزيرة العربية، بل في العالم أجمع، بيد أنّ حثالة المجتمع ممن اشتدّ عوده وقوي وجوده زمن الجاهلية الجهلاء بقيت تكن الحقد، وتملأ صدورها بالضغينة، وكيف لا؟! وقد قتل بالأمس صناديدهم وطردهم اليوم عن مراكز القوة والثراء، وكان يخشى من هؤلاء أن تمتد أحقادهم على الامام الطاهر الطهر إلى ما بعد الوفاة فيتجاسرون على مرقده الزكي المقدس؛ ولهذا كان الدفن سرياً للغاية.
وبقي المرقد المقدس في الخفاء زهاء (150 عاماً) لا يعرفه إلّا الأئمة الأبرار وخواص شيعتهم، فيتحينون الفرص للتزود من تلك التربية المعطاء، فيزورونها تحت جنح التقية بعيداً عن عيون الظالمين، بل والناس أجمعين.
وهكذا تصرمت السنين ومرت الأيام حتى انقضى عصر الأمويين والمروانيين الذين امتطوا صهوة الملك حيناً من الدهر وغرتهم الأماني، فجالوا في زخارف الزمن الغدّار، فلما طفح بهم الكيل وانقضت مدتهم اكتسح ميادينهم بنو العباس، فخلوا الصهوة والأمنيات، وسلّموها لخلفهم بالحسرات، فكان الخلف شراً من السلف، ففعلوا الأفاعيل، وارتكبوا الجرائم والجنايات، وعجّ بهم الكون لما أنزلوه من الظلم الفادح ببني عمهم «بني هاشم» فقد لا يبالغ إن قيل أنّهم بيضوا وجوه بني أمية مع ملاحظة الظروف المحيطة بالقبيلين.
فقد طارد العباسيون ذرية رسول الله (صلى الله عليه واله) ولاحقوهم تحت كلّ حجر ومدر، ولم يسلم من جورهم «سيد» من السادات وشريف من الشرفاء، فوضعوهم في الاصطوانات، وبنو عليهم قصورهم، وكان من أشدهم «هارون الرشيد» الذي تسلّط بالجور والطغيان حتى امتدت يده الأثيمة إلى الامام البار الأمين موسى بن جعفر (عليه ‌السلام)، فعذبه في سجونه، ثم سقاه السم في نهاية المطاف، فاستشهد الامام المعذّب في قعر السجون، وانتقل إلى جوار أجداده الطاهرين.
ومع كلّ جوره وحنقه على أهل البيت (عليهم ‌السلام) وعداوته لهم إلّا أنّه صار سبباً لانكشاف قبر أمير المؤمنين (عليه ‌السلام)، وقد يكون العدو سبب خير أحياناً: روى المجلسي عن الخرائج قال: ومن معجزاته صلوات الله عليه أنّه قال: رأيت رسول الله (صلى الله عليه واله) وهو يمسح الغبار عن وجهي وهو يقول: يا علي.. لا عليك.. لا عليك.. قد قضيت ما عليك، فما مكث إلّا ثلاثاً حتى ضرب وقال الحسن والحسين (عليهما‌ السلام) : إذا متّ فاحملاني إلى «الغري» من نجف الكوفة، واحملا آخر سريري فالملائكة يحملون أوله، وأمرهما أن يدفناه هناك ويعفيا قبره، لما يعلمه من دولة بني أمية بعده. 
وقال: ستريان صخرة بيضاء تلمحع نوراً، فاحتفرا، فوجدا ساجة مكتوباً عليها: مما ادخرها نوح لعلي بن أبي طالب (عليه ‌السلام)، فدفناه فيه وعفيا أثره.
ولم يزل قبره مخفياً حتى خرج هارون الرشيد يوماً يصيد، وأرسل الصقور والكلاب على الظباء بجانب الغريين، فجادلتها ساعة، ثم لجأت الظباء إلى الأكمة، فرجع الكلاب والصقور عنها، فسقطت في ناحية ثم هبطت الظباء من الأكمة، فهبطت الصقور والكلاب ترجع اليها، فتراجعت الظباء إلى الأكمة، فانصرفت عنها الصقور والكلاب، ففعلن ذلك ثلاثاً.
فتعجب هارون وسأل شيخاً من بني أسد: ما هذه الأكمة؟
فقال: لي الأمان؟
قال: نعم.
قال: فيها قبر الامام علي بن أبي طالب (عليه ‌السلام) فتوضأ هارون وصلّى ودعا .