تستخدم أنظمة التطهير لمكافحة الأمراض التي تحملها المياه والتي تسببها البكتيريا أو الفيروسات وتتخلص هذه العمليات مسببات الأمراض بعلاج مياه المصدر بمضيفات كيماوية ، أو عن طريق تعريضها لضوء فوق البنفسجي ، وكثيرا ما تكون أنظمة المعالجة هذه رخيصة ويمكن خفضها لتلائم محطات المعالجة الصغيرة.

ومن المطهرات الشائعة الكلور الحر، والكلورامينات، وثاني أكسيد الكلور ويعد التطهير بالكلور أكثر وأقدم نوع من المضافات الكيماوية الشائعة كما أنه مؤكسد ولذلك يساعد في إزالة الحديد، وكبريتيد الهيدروجين ومعادن أخرى.

ويعالج الأوزون، وهو غازعديم اللون الملوثات العضوية وغير العضوية بنفس طريقة المعالجة بالكلور بل إنه أكثر فعالية ضد البكتيريا والجراثيم الأخرى وأنظمة الأوزون غير شائعة في كثير من دول العالم لأنها تنطوي على بنية تحتية مكثفة، ويمكن أن يكون تنفيذها باهظ التكاليف ، وعادة ما ينتج الضوء فوق البنفسجي وهو جزء خفي من الطيف الكهرومغناطيسي الذي يقتل البكتيريا والفيروسات في المياه المعرضة لأشعته باستخدام مصابيح زئبقية واستخدام الأشعة فوق البنفسجية رخيص ورائج في المحطات الصغيرة ولكنها ليست فعالة مثل المطهرات الأخرى في إمدادات المياه السطحية التي تحتوي على الكثير من الجسيمات العالقة .