وفي أيامه حمل على البصرة بنو عامر بقيادة زعيمهم عميرة العامري، وساروا إليها من الأحساء في سنة 588ﻫ، فلما اقتربوا منها خرج لقتالهم محمد بن إسماعيل، فقاتلهم طول النهار، فلما جن الليل ثلم بنو عامر سور المدينة، ودخلوها على حين غفلة من أهلها، فقتلوا ونهبوا، فانهزم محمد بن إسماعيل، وكان قد كتب قبل وصول بني عامر إلى رؤساء المنتفق وخفاجة يطلب منهم النجدة، فوصل منهم جمع كبير بعد دخول الغزاة بيوم، فبلغ ذلك بني عامر فخرجوا مسرعين فالتقوا بالمنتفك وخفاجة بضواحي المدينة، وبعد قتال انتصر بنو عامر فعادوا إلى البصرة وعاد النهب والسلب مرة أخرى، فاضطر البصريون إلى ترك بلدهم فانهزموا منها بأنفسهم. فبلغ بني عامر خبر تجهيز الجيوش من بغداد لقتالهم، فخرجوا من المدينة بعد بضعة أيام. فعاد البصريون إلى أوطانهم، وذلك في السنة نفسها — 588ﻫ.