هناك العديد من المشكلات المتعلقة بتواجد المياه السطحية في الكرة الأرضية وحجم المياه ونوعيتها ومن أبرز هذه المشكلات ما يأتي:

- 1التوزيع غير المنتظم للمياه السطحية Unevenly Distribution of Water

على الرغم من انتشار المياه السطحية في الأقاليم المناخية جميعها على سطح الأرض إلا أنها تعاني من انتفاء الانتظام في التوزيع بسبب تباين الظروف المناخية والمظاهر الطبوغرافية والتكوينات الجيولوجية في البيئات المحلية المختلفة. إذ يتباين تركيز المياه السطحية الجارية بين القارات فيزداد تركيزها في قارة أمريكا الجنوبية وبمقدار 583 ألف م / كم / سنة لتمثل أكثر قارات العالم وفرة في المياه، في حين ينخفض مقدار التركيز إلى 139 ألف م/كم/سنة في قارة أفريقيا لتمثل أكثر قارات العالم في العجز المائي.

كما يتباين تواجد المياه السطحية بين المناطق المختلفة في القارة الواحدة، إذ تشهد بعض مناطق القارة تركزاً كبيراً للمياه لتمثل مناطق التخمة والوفرة المائية ومن أمثلتها إقليم هضبة البحيرات في شرق قارة أفريقيا وإقليم البحيرات العظمي في شمال شرق قارة أمريكا الشمالية، في حين تعاني مناطق أخرى في القارة نفسها من الجفاف والعجز المائي ومن أمثلتها الصحراء الكبرى في شمال قارة أفريقيا وصحراء أريزونا في جنوب غرب قارة أمريكا الشمالية. إن التوزيع غير المنتظم للمياه على سطح الأرض يعرض المياه السطحية في مناطق الوفرة المائية إلى الهدر والتبديد في المحيطات والبحار من دون استثمار، في حين تعاني الموارد الأرضية في المناطق الجافة من الإهمال وندرة الاستثمار بسبب شح المياه وانتفاء كفاءتها لتلبية الاحتياجات المائية للاستثمارات المختلفة.

- 2الفيضانات Floods

يقصد بالفيضان هو الزيادة الاستثنائية لكمية التصريف المائي في المجرى النهري وارتفاع مناسيب المياه بما يفوق الطاقة الاستيعابية للمجرى مما يؤدي إلى الانسياب الجانبي للمياه المتدفقة نحو المناطق السهلية المجاورة لضفتي المجرى النهري وإغراقها بالمياه.

إن فيضانات المجاري النهرية وما يرافقها من انغمار السهول الجانبية بالمياه تسبب كوارث طبيعية وبشرية واقتصادية، فعلى سبيل المثال تسبب فيضان نهر الميسيسيبي في الولايات المتحدة الأمريكية في عام 1993 في ومقتل 50 شخصاً إذ غطت مياه الفيضان مساحة من الأرض تقدر بحدود 9 مليون هكتار شملت تسع ولايات، وانكسر 1100 سد وانجراف قطار والعديد من المركبات والجسور، وأغلقت طرق الملاحة لمدة شهرين، ويعد فيضان نهر هونك هو في الصين عام 1931 أسوء كارثة سببتها فيضانات الأنهار في تأريخ العالم المعاصر إذ بلغ عدد الأشخاص الذين غرقوا تحت المياه بحدود 3.7 مليون شخص، وقد غطت مياه الفيضان مساحة من الأرض تقدر بحدود 88 ألف كم فضلاً عن الأراضي التي تأثرت بمياه الفيضان بشكل جزئي والتي قدرت مساحتها بحدود 21 ألف كم. ويعد فيضان عام 1967 من أشهر الفيضانات التي شهدها العراق في التأريخ المعاصر إذ غمرت مياه نهر الفرات على سبيل المثال 224 قرية مما تسبب في تهجير 153 ألف نسمة من السكان، كما غطت مياه النهر مساحة من الأرض الزراعية قدرت بحدود 98 ألف هكتار وبعمق تراوح ما بين 1-4 أمتار وبلغت عدد الماشية الضالة بحدود 531 ألف رأس.

- 3نضوب المياه السطحية  Water Depletion

على الرغم من توسع نطاق التصحر (Desertification) في العالم بمقدار 21 مليون هكتار في كل سنة، فإن هناك العديد من الشواهد التي تعطي مؤشراً أكثر قوى لاتجاه المياه السطحية في بعض المناطق إلى النضوب. ومن هذه الشواهد تقلص مساحة بحيرة تشاد في أفريقيا من 20 ألف كم إلى 13 ألف كم بسبب تغير مسارات بعض الروافد التي تغذية البحيرة بالمياه. كما أدت التغيرات المناخية في غرب وجنوب غرب استراليا إلى انخفاض كميات المياه الجارية إلى الخزانات التي تغذي مدينة برت بمقدار 50% من معدلها السنوي، وبخلاف ذلك فقد ازداد الطلب على المياه في استراليا بمقدار 65% خلال المدة 1985- 1996 مما يولد ضغطاً متزايداً على المياه ويؤدي إلى إجهاد المياه واستنزافها، وكذلك فإن إنشاء العديد من السدود والخزانات في أعالي حوض نهري دجلة والفرات في تركيا وسيادة الجفاف في منطقة الحوض أدى إلى انخفاض الإيراد المائي في العراق من حوالي 83.8 كم في سنة 1979 إلى حوالي 26.2 سنة 2008 ، وتقلصت مساحة الأهوار المنتشرة في جنوب العراق بمقدار كم في  75%  من إجمالي مساحتها ، وانخفاض كمية المياه الواصلة إلى مجرى شط العرب من حوالي 29 كم في سنة 1979 إلى حوالي 2.2 كم في سنة 2011.

- 4تلوث المياه  Water Pollution

تقل نقاوة المياه بزيادة تركيز الأملاح والمعادن المذابة في المياه مما يزيد من معدلات تلوث المياه وتصبح المياه غير صالحة للاستخدام عندما يرتفع تركيزها عن الحدود الطبيعية المسموح بها تنشأ ملوثات المياه من مصادر متعددة أبررها ما يأتي:

1- النشاط الزراعي: يعد النشاط الزراعي مصدراً مهماً لتلوث المياه إذ تعمل عمليات التسميد الزراعي على إضافة المركبات الكيميائية والعضوية إلى مياه البزل المتصلة بالأنهار والبحيرات.

- 2النشاط الحضري : تسهم المدن بتزويد مياه الأنهار والبحيرات بكميات كبيرة من الملوثات الذائبة والصلبة عن طريق مياه المجاري المنزلية والصناعية, إذ أن أكثر من 90% من مياه الصرف وأكثر من 70% من مياه المعامل تصرف إلى المجاري النهرية والبحيرات قبل المعالجة والتدوير, وتمتاز المجاري المنزلية والصناعية بارتفاع تركيز المواد السامة والمركبات العضوية والعناصر النزرة أو الثقيلة والمغذيات.

- 3النقل المائي : إن استخدام مياه الأنهار والبحيرات للنقل يسهم في تلوث المياه بالعديد من المواد ولاسيما المركبات الهيدروكربونية من خلال عمليات تفريغ المواد وطرح الفضلات من البواخر فضلاً عن عمليات تسرب المواد المنقولة بسبب الحوادث التي تتعرض لها البواخر.