تتباين البحيرات المتواجدة على سطح الأرض فيما بينهـا بالعديـد مـن الخصائص بسبب اختلاف ظروف البيئة المحلية وطريقة نشأتها و من أبرز خصائص البحيرات ما يأتي:

- 1ملوحة البحيرات  Water Salinity

تؤثر ملوحة مياه البحيرات في طبيعة تركيز العناصر الكيميائية والعضوية ومقدارها مما يحدد مدى صلاحية المياه للاستخدامات المختلفة وأهميتها الاقتصادية. إن ملوحة المياه تتباين بين البحيرات بسبب تباين الموقع الجغرافي والظروف المناخية وطبيعة التغذية المائية وحجم المياه في البحيرة وعمقها ومساحتها، فقد تنخفض ملوحة المياه في البحيرات المفتوحة لتتراوح بين 100 200 ملغم/لتر فتكون بحيرات عذبة، في حين قد ترتفع الملوحة في البحيرات المغلقة لتصل إلى أكثر من 100,000 ملغم/لتر لتكون ذات ملوحة أعلى من ملوحة المياه البحرية التي يبلغ معدلها بحدود 35,000 ملغم/لتر. وتمثل البحيرات العذبة بحدود 54.5% من إجمالي مياه البحيرات في العالم، وتعد بحيرة بيكال أكبر البحيرات العذبة في العالم. في حين تمثل البحيرات المالحة بحدود 44.5 % من إجمالي مياه البحيرات في العالم ، ويعد بحر قزوين أكبر البحيرات المالحة في العالم.

- 2درجة حرارة البحيرات  Water Temperature

انخفاض تؤثر درجة حرارة المياه في البحيرات على درجة كثافتها مما يؤثر على طبيعة الأحياء النباتية والحيوانية وأنماطها ، إذ يتقلص الماء ويزداد وزنه مع درجات الحرارة مما يؤدي إلى تزايد كثافة الماء، ويتمثل أقصى حد لكثافة المياه العذبة في درجة حرارة تقدر بحدود 4 درجة مئوية إذ يرتفع مقدار الكثافة إلى حوالي 1 غم/سم. إن درجات الحرارة في المياه تتباين بين البحيرات بسبب تباين الموقع الجغرافي والظروف المناخية وعمق المياه ومساحتها، إذ ترتفع معدلات درجة حرارة سطح المياه في بحيرات العروض الاستوائية والمدارية لتتراوح بين 30-20 درجة مئوية فتكون بحيرات حارة، في حين تمتاز الطبقة السطحية للمياه في بحيرات العروض القطبية بالانخفاض دون 4 درجة مئوية وتجمدها لفترة من السنة لتكون بحيرات شديدة البرودة.

- 3منسوب البحيرات  Levels

يتباين منسوب سطح المياه في البحيرات ليس بسبب تباين الموقع الجغرافي وطبيعة سطح الأرض فحسب، بل يتأثر المنسوب بالظروف الهيدرومناخية أيضاً. وتتباين المناسيب في البحيرات بين 401 متر دون مستوى سطح البحر في البحر الميت في الأردن ليمثل أخفض بحيرات العالم، في حين يرتفع المنسوب إلى أكثر من 6000 متر فوق مستوى سطح البحر في البحيرات المتواجدة في هضبة التبت.

- 4عمق البحيرات  Depths

تتباين أعماق المياه في البحيرات تبعاً للعوامل الطبوغرافية والظروف الهيدرومناخية. إذ يزداد العمق إلى حوالي 1637 متر في بحيرة بيكال (Baikal) في قارة أسيا، في حين ينخفض العمق إلى حوالي 5 متر في بحيرة تشاد في قارة أفريقيا وقد يزداد انخفاض الأعماق ليصل إلى صفر بعد اختفاء مياه البحيرة بسبب انقطاع التغذية المائية والتبخر الشديد.

- 5مساحة البحيرات  Areas

تشغل البحيرات مساحة 4.7 مليون كم من سطح الأرض، وتتباين مساحة البحيرات بسبب عوامل تكوينها والظروف الهيدرومناخية. إن بحر قزوين في قارة أسيا يشغل مساحة تقدر بحدود 378 إلف متر مربع ليمثل أكبر بحيرة في العالم إذ يحوي ما يقارب من 40% من حجم مياه البحيرات في العالم، في حين تقل المساحة في بحيرة خضرا في مصر إلى أقل من 0.8 متر مربع لتمثل البحيرات الصغيرة في العالم.