صفته في خلقه وحليته قال ابن شهرآشوب في المناقب : كان الصادق (عليه السلام) ربع القامة أزهر الوجه حالك الشعر جعدا أشم الأنف أنزع رقيق البشرة على خده خال أسود وعلى جسده حبلان ؛ وفي الفصول المهمة : صفته معتدل آدم اللون .

و صفته في أخلاقه وأطواره قال أبو نعيم في حلية الأولياء ومنهم الامام الناطق ذو الزمام السابق أبو عبد الله جعفر بن محمد الصادق أقبل على العبادة والخضوع وآثر العزلة والخشوع ونهى عن الرئاسة والجموع وقيل إن التصوف انتفاع بالسبب وارتفاع في النسب .

وفي مرآة الجنان لليافعي : السيد الجليل سلالة النبوة ومعدن الفتوة أبو عبد الله جعفر الصادق وفي مناقب ابن شهرآشوب قال مالك بن أنس ما رأت عيني أفضل من جعفر بن محمد فضلا وعلما وورعا وكان لا يخلو من إحدى ثلاث خصال إما صائما وأما قائما وإما ذاكرا وكان من عظماء العباد وأكابر الزهاد الذين يخشون ربهم وكان كثير الحديث طيب المجالسة كثير الفوائد. وروى أبو نعيم في الحلية بسنده عن عمرو بن المقدام كنت إذا نظرت إلى جعفر بن محمد علمت أنه من سلالة النبيين (اه) وقد كان إذا صلى العشاء وذهب من الليل شطره أخذ جرابا فيه خبز ولحم ودراهم فحمله على عنقه ثم ذهب به إلى أهل الحاجة من أهل المدينة فقسمه فيهم ولا يعرفونه فلما مات وفقدوا ذلك عرفوه .