أثناء عملية فرز العسل يعلق به الكثير من الشوائب، مثل الشمع الناتج من الأغطية الشمعية، وهذه يجب التخلص منها قبل التعبئة، ويختلط به ايضا فقاعات هوائية كثيرة ، يمكن التخلص منها بمراعاة صب العسل على جدران أواني التعبئة. هذه المواد تطفو على سطح العسل عند تركه لمدة طويلة في الخزان، وقد تكون هذه المواد طبقة سطحية رقيقة فوق العسل عند تعبئته، ويؤدي هذا إلى عدم شفافية العسل وعدم صفاء لونه.

وتتم عملية التنقية بنقل العسل من الفراز من فتحة خالية إلى أواني كبيرة تسمى المنضج Ripener، وهو عبارة عن إناء أسطواني الشكل، له صنبور من اسفل، ويوضع فوقه وعاء آخر به مصفاتان، الأولى والعلوية ذات ثقوب واسعة نوعا وذلك لحجز بقايا الشمع الكبيرة الحجم، والثانية أسفلها، وهي ذات ثقوب ضيقة لحجز المواد الدقيقة المختلطة بالعسل، وقد يستخدم بجانب هذا قطعة من القماش أو الشاش ذات ثقوب ضيقة جدا من الموسيلين، توضع اسفل الصفة الثانية حتى تحصل على تصفية جيدة جدا.

في حالة كون الجو باردا، يمكن تسخين العسل لتسهيل عملية التصفية، وفي الجو الحار قد يترك العسل في هذه الأواني لفترة تسمح بصعود ما به من شوائب وفقاقيع فوق سطحه، وأفضل درجة حرارة لتصفية العسل هي بين 32م - 36م.

يجب الحذر من تسخين العسل لدرجة حرارة عالية حتى لا تحدت تغييرات في اللون والرائحة، الأمر الذي يقلل من جودته ويؤدي إلى تبلوره Granulation.