أن عملية تحليل الأحماض الأمينية تتم بعد الحصول على مزيج المركبات الحاوي على الأحماض الأمينية الناتجة من عمليات تكسير البروتينات الى متعدد الببتيد باستخدام عدة طرق ( كالكروماتوغرافيا ) وتحليل الببتيدات تحلل حامضي أو تحلل قاعدي أو تحلل إنزيمي لاحظ الفصل الخامس وعمليات تحليل الببتيدات  وبعد تكوين مزيج الأحماض الأمينية يتم إمرارها على جهاز محلل الأحماض الأمينية التلقائي والذي يشمل على عمود يحتوي على راتنج مبادل أيوني موجب كمتعدد سلفونات (الستارين إذ يوضع المحلول الحامضي (pH =  3) لخليط الأحماض الأمينية على السطح العلوي من الراتنج ثم يمرر محلول منظم ليترشح خــلال العمود. وتكون الأحماض الأمينية موجبة عند الأس الهيدروجيني 3 إذ تختلف شحناتها الموجبة فـــي مــــدى تأينها. وهكذا فالأحماض الأمينية ذات الشحنة الموجبة العالية (الأحماض الأمينية القاعدية كالايسين والأرجنين والهستيدين) سوف ترتبط بقوة مع الراتنج اما الأحماض الأمينية الأقل شحنة سوف تزاح أولاً وتمزج مع محلول الننهايدرين آلياً. وبعد ذلك يقدر اللون الناتج بدلالة الامتصاصية بوساطة المطيـــاف الضوئي Photometer بعدها تسجل النتائج بوساطة آلة التسجيل Recorder بشكل بياني يبين الامتصاص مقابل زمن الاحتباس Retention time للجزء المزاح.

وحيث ان الزمن المستغرق لنزول (إزاحة) الحامض الأميني المعين يكون خاصاً بذلك الحامض الأميني، وان مقدار الامتصاص له علاقة مباشرة بكمية الحامض الأميني المزاح، لذا فإن الرسم البياني لآلة التسجيل يشير مباشرة الى نوع وكمية الأحماض الأمينية الموجودة في النموذج.