في صفر سنة 36 أرسل أمير المؤمنين علي (عليه السلام) قيس بن سعد بن عبادة من المدينة إلى مصر واليا عليها وكان ذا رأي وبأس وحزم ومن شيعة أمير المؤمنين (عليه السلام) ومناصحيه .

قال ابن الأثير وإبراهيم بن سعد بن هلال الثقفي في كتاب الغارات فيما حكاه عنه ابن أبي الحديد : قال أمير المؤمنين لقيس ائتها اي مصر بجند فان ذلك ارعب لعدوك وأعز لوليك وأحسن إلى المحسن واشدد على المريب وارفق بالعامة فان الرفق يمن فقال اما الجند فادعه لك واما ما وصيتني به من الرفق والإحسان فالله تعالى هو المستعان على ذلك فدخلها في سبعة من أهله وذلك يدل على حزمه وشدة ثقته بنفسه فصعد المنبر وامر بكتاب أمير المؤمنين (عليه السلام) فقرئ على أهل مصر بامارته ويامرهم بمبايعته ومساعدته على الحق ثم قام فخطب خطبة مختصرة جمعت فأوعت فقال : الحمد لله الذي جاء بالحق وأمات الباطل وكبت الظالمين أيها الناس انا قد بايعنا خير من نعلم بعد نبينا فقوموا فبايعوا على كتاب الله وسنة رسوله فان نحن لم نعمل لكم بذلك فلا بيعة لنا عليكم فبايعه الناس الا أهل قرية يقال لها خربتا كان أهلها عثمانية فهادنهم وجبى الخراج ليس أحد ينازعه وخرج أمير المؤمنين (عليه السلام) إلى الجمل ورجع وهو بمكانه فكان أثقل خلق الله على معاوية مخافة ان يقبل علي في أهل العراق وقيس في أهل مصر فيقع بينهما معاوية فكتب معاوية إلى قيس يلزمه بدم عثمان ويطلب منه مبايعته ويعده بسلطان العراق له وسلطان الحجاز لمن أحب من أهله فاجابه قيس مخادعا بأنه ينظر في ذلك فاجابه معاوية مصرحا وقال إنه ليس مثلي يصانع بالخداع ولا يخادع بالمكائد فاجابه قيس حينئذ جوابا صريحا وتهدده أيضا فايس منه معاوية وعمد إلى حيلة أخرى فاظهر لأهل الشام ان قيسا صار مواليا له مساعدا على الطلب بدم عثمان وزور كتابا عن قيس له بذلك وقرأه على أهل الشام فبلغ ذلك عليا من عيونه بالشام ومن محمد بن أبي بكر ومحمد بن جعفر بن أبي طالب فأعظمه واكبره وقال والله ما أصدق بهذا عنه .

فأشار عليه عبد الله بن جعفر بعزل قيس وجاء كتاب قيس يخبر بحال أهل خربتا وكفه عن قتالهم فقال ابن جعفر ما أخوفني أن يكون ذلك ممالأة منه فمره بقتالهم فامره به فاجابه قد عجبت لأمرك بقتال قوم كافين عنك مفرغيك لعدوك ومتى حاددناهم ساعدوا عليك عدوك فأطعني يا أمير المؤمنين واكفف عنهم فان الرأي تركهم فقال ابن جعفر يا أمير المؤمنين ابعث محمد بن أبي بكر على مصر واعزل قيسا فقد بلغني ان قيسا يقول إن سلطانا لا يستقيم الا بقتل مسلمة بن مخلد لسلطان سوء وكان ابن جعفر أخا محمد بن أبي بكر لأمه أمهما معا أسماء بنت عميس فولى محمدا مصر فغضب قيس وذهب إلى المدينة فشمت به حسان بن ثابت وكان عثمانيا فقال له قتلت عثمان وعزلك علي فبقي عليك الاثم ولم يحسن لك الشكر فقال له قيس يا أعمى القلب والبصر والله لولا أن القي بين قومي وقومك حربا لضربت عنقك اخرج عني ثم خرج قيس هو وسهل بن حنيف إلى علي فشهدا معه صفين وكتب أمير المؤمنين (عليه السلام) مع محمد كتابا إلى أهل مصر يخاطبهم فيه ويخاطب محمدا وهو كتاب طويل جدا جليل يشتمل على وصايا جليلة وآداب عظيمة قال إبراهيم فكان محمد ينظر في هذا الكتاب ويتأدب بآدابه فلما قتله عمرو بن العاص بعث به إلى معاوية ينظر فيه ويتعجب منه فقال له الوليد بن عقبة مر بهذه الأحاديث أن تحرق فقال لا ارى ذلك قال أ فمن الرأي ان يعرف الناس ان أحاديث أبي تراب عندك تتعلم منها قال ويحك أ تأمرني ان أحرق علما مثل هذا والله ما سمعت بعلم هو أجمع منه ولا احكم فقال إن كنت تعجب من علمه وقضائه فعلام تقاتله ثم قال لجلسائه انا لا نقول هذه من كتب علي بن أبي طالب بل من كتب أبي بكر كانت عند والده فلم تزل تلك الكتب في خزائن بني أمية حتى ولي عمر بن عبد العزيز فهو الذي أظهر انها من أحاديث علي بن أبي طالب وكلامه وبعث محمد بن أبي بكر إلى المعتزلين اما ان تدخلوا في طاعتنا او ان تخرجوا عنا فأجابوه لا نفعل وطلبوا المهلة فابى عليهم فامتنعوا وكانت وقعة صفين وهم هائبون لمحمد فلما رجع علي عن معاوية وصار الامر إلى التحكيم طمعوا في محمد فبعث إليهم محمد بن الحارث الجعفي فقاتلهم فقاتلوه وقتلوه فبعث إليهم آخر فقتلوه .