يكنى أبا الحسن وأبا الحسين وكان الحسن في حياة رسول الله(صلى الله عليه واله) يدعوه أبا الحسين والحسين يدعوه أبا الحسن ويدعوان رسول الله (صلى الله عليه واله) أباهما فلما توفي النبي (صلى الله عليه واله) دعوا عليا أباهما .

وكان يكنى أيضا بأبي تراب كناه به رسول الله (صلى الله عليه واله) ففي الاستيعاب بسنده قيل لسهل بن سعد ان أمير المدينة يريد ان يبعث إليك لتسب عليا عند المنبر قال كيف أقول قال تقول أبا تراب فقال والله ما سماه بذلك إلا رسول الله (صلى الله عليه واله) قال وكيف ذلك يا أبا العباس قال دخل على فاطمة ثم خرج من عندها فاضطجع في صحن المسجد فدخل رسول الله (صلى الله عليه واله) على فاطمة فقال أين ابن عمك قالت هو ذاك مضطجع في المسجد فوجده قد سقط رداؤه عن ظهره وخلص التراب إلى ظهره فجعل يمسح التراب عن ظهره ويقول أجلس أبا تراب فوالله ما سماه به الا رسول الله (صلى الله عليه واله) والله ما كان اسم أحب إليه منه وروى النسائي في الخصائص بسنده عن عمار بن ياسر كنت أنا وعلي بن أبي طالب رفيقين في غزوة العشيرة من بطن ينبع إلى أن قال ثم غشينا النوم فانطلقت انا وعلي حتى اضطجعنا في ظل صور من النخل وفي دقعاء من التراب فنمنا فوالله ما أهبنا إلا رسول الله (صلى الله عليه واله) يحركنا برجله وقد تربنا من تلك الدقعاء التي نمنا عليها فيومئذ قال رسول الله (صلى الله عليه واله) لعلي ما لك يا أبا تراب لما يرى عليه من التراب أقول تعدد الواقعة ممكن وقيل لما رآه ساجدا معفرا وجهه في التراب أو كان يعفر خديه وهو ساجد فكان إذ رآه والتراب بوجهه يقول يا أبا تراب افعل كذا وقيل كني به لان النبي (صلى الله عليه واله) قال يا علي أول من ينفض التراب عن رأسه أنت .

وكانت هذه الكنية أحب كناه إليه لكون النبي (صلى الله عليه واله) كناه بها وكان أعداؤه من بني أمية وأتباعهم لا يطلقون عليه غيرها كأنهم يعيرونه بها مع أنها موضع الفخر ودعوا خطباءهم ان يسبوه بها على المنابر وجعلوها نقيصة له فكانما كسوه بها الحلي والحلل كما قال الحسن البصري كما أنهم كانوا لا يطلقون على شيعته وأتباعه الا الترابي والترابية حتى صار علما لهم قال الكميث :

وقالوا ترابي هواه ودينه * بذلك أدعى بينهم وألقب

و لما قال كثير عزة : ضحى آل أبي سفيان بالدين يوم الطف وضحى بنو مروان بالكرم يوم العقر قال له يزيد بن عبد الملك عليك بهلة الله أ ترابية وعصبية وفي ذلك يقول المؤلف من قصيدة :

وكنيت بالسبطين شبليك واغتدى * لنسل النبي المصطفى فيهما حصر

وكناك خير الرسل في دعوة أبا * تراب وقد عابوا به وهو الفخر