- التكاليف: ثمة عدة عوامل تحد من تكاليف النقل، أهمها كالاتي الاتية:

أ- استخدام المسطحات المائية، دون الحاجة الى تحسينات فهي لا تحتاج تعبيدا لكنها تحتاج في بعض الاحيان ازالة الترسبات او تعميق بعض المناطق لجعلها اكثر قدرة على استقبال السفن الأكبر حجما.

ب- زيادة الطاقة التحميلية مقارنة بالوسائط الأخرى، وبالتالي قلة كلفة الحمولة المنقولة.

ت- قلة استهلاك الوقود لوحدة المسافة مقارنة بوسائط النقل البري.

ث- أن حجم التسهيلات التي تقدمها الموانئ قليلة مقارنة بحجم البضائع المنقولة.

ج- القدرة على النقل لمسافات اطول وبكلفة اقل مقارنة بوسائط النقل الأخرى.

ح- المرونة الكبيرة التي تتمتع فيها وسائط النقل النهري مقارنة مع الوسائط الأخرى حيث لم تحدد بمحددات بوسائط النقل البري التي تتمثل بالطرق او القضبان الحديدية وهذا يعني قدرة النقل على التحرك بمرونة كبيرة وبالتالي لها القدرة على اتباع الطرق الاقصر مقارنة بالوسائط الاخرى.

اما العوامل التي تسهم في رفع تكاليف النقل المائي وهي كالاتي :

1- لا يوفر النقل المائي امكانية النقل من الباب الى الباب مما يعني تكرار عملية المناولة وبالتالي رفع التكاليف مع ضياع الوقت وتشمل عملية المناولة التي يتطلبها النقل المائي.

- عملية التفريغ من الباخرة الى الرصيف.

- عملية النقل من الرصيف الى المخازن.

- عملية خزن البضائع وتصنيفها.

- عملية تسليم البضائع الى وسائط النقل المختلفة.

2- التلف الذي يلحق بالبضائع نتيجة لتجمع البضائع على ارصفة الموانئ ضمن ما يعرف بظاهرة اكتظاظ الموانئ وهذا يحدث نتيجة تفريغ البضائع من البواخر يتم بسرعة الذي يوثر في المحصلة النهائية على تكاليف النقل المائي.

3- انخفاض معدل السرعة مما يزيد من زمن الرحلة ويضيف تكاليف أخرى على السلع التي يتطلب نقلها توفر شروط معينة من حيث الحرارة كالمواد السريعة التلف أو التي يتطلب نقلها ضرورة حمايتها من الاهتزازات كالمواد السريعة الكسر.