The active site

A critical element in the three-dimensional structure of any enzyme is the presence of an ‘active site’, which is a pocket, usually located in the interior of the protein, that serves as a docking point for the enzyme’s substrate(s) (‘substrate’ is the term that biochemists use for a reactant molecule in an enzyme-catalyzed reaction). It is inside the active site pocket that enzymatic catalysis occurs. Shown below is an image of the glycolytic enzyme fructose-1,6-bisphosphate aldolase, with its substrate bound inside the active site pocket.

When the substrate binds to the active site, a large number of noncovalent interactions form with the amino acid residues that line the active site. The shape of the active site, and the enzyme-substrate interactions that form as a result of substrate binding, are specific to the substrate-enzyme pair: the active site has evolved to 'fit' one particular substrate and to catalyze one particular reaction. Other molecules do not fit in this active site nearly so well as fructose 1,6-bisphosphate.

Here are two close-up views of the same active site pocket, showing some of the specific hydrogen-bonding interactions between the substrate and active site amino acids. The first image below is a three-dimensional rendering directly from the crystal structure data. The substrate is shown in 'space-filling' style, while the active site amino acids are shown in the 'ball and stick' style. Hydrogens are not shown. The color scheme is grey for carbon, red for oxygen, blue for nitrogen, and orange for phosphorus.

Below is a two-dimensional picture of the substrate (colored red) surrounded by hydrogen-bonding active site amino acids. Notice that both main chain and side chain groups contribute to hydrogen bonding: in this figure, main chain H-bonding groups are colored blue, and side chain H-bonding groups are colored green.

Looking at the last three images should give you some appreciation for the specific manner in which a substrate fits inside its active site.

اخر الاخبار

اخبار العتبة العباسية المقدسة

جمعية كشافة الكفيل: المجالس الحسينية تعلّم الفتية قيم نهضة الإمام الحسين (عليه السلام)

عَبرَ المجالس الحسينية.. المجمَع العلمي يقدّم محاضرات دينية وتلاوات قرآنية في بغداد والنجف وميسان

برعاية العتبة العباسية المقدسة.. موكب قناديل السماء يُحيي مراسم اليوم الثالث عشر من المحرّم

بعد انتهاء مراسم ذكرى دفن الأجساد الطاهرة قسم رعاية الصحن يباشر بحملة تنظيف واسعة لصحن مرقد أبي الفضل العباس (عليه السلام)

المزيد

الآخبار الصحية

اختراق علمي.. دواء يؤخر ظهور السكري من النوع الأول لسنوات

هذا ما يحدث لجسمك إن أهملت نظافة فراشك

لماذا تعتبر النساء أكثر عرضة للإصابة بألزهايمر من الرجال؟

لماذا يحذر الخبراء من الإفراط في تناول الفراولة؟

المزيد

الآخبار التكنلوجية

السيارات الكهربائية أنظف بنسبة 73% من سيارات الوقود

سيارة لوسِد الكهربائية تدخل "غينيس" بأطول مدى في العالم

نظرية جديدة تنسف كل ما نعرفه عن تشكل أول قارة في الأرض

منذ 37 ألف عام.. دراسة تكشف "أقدم أمراض" أصابت البشر

المزيد

مواضيع ذات صلة

الطرد المركزي

كيمياء أنسجة الإنزيمات enzyme histochemistry

التقسيم الخلوي الثانوي للإنزيمات

تقدير المناعة الإشعاعية للإنزيمات

التقديرات الحركية المزدوجة coupled kinetic assays

تقدير حركية النشاط التحفيزي

التقدير الكمي لنشاط الإنزيم

تقدير الإنزيمات

اختيار المستحضر

isocitrate dehydrogenase

(Phosphofructokinase (PFKase

(Aspartate transcarbamoylase (AT Case