قد تؤدي تفاعلات الجسم مع الغذاء أو الدواء إلى حدوث تغيرات في تأثير الديناميكية الدوائية وتعني التأثيرات الفيزيولوجية أو الكيميائية التي تحدث للكائن الحي نتيجة الدواء أو مجموعة من الأدوية، كما قد تحدث تغيرات في الحرائك الدوائية بالجسم، وتشمل الامتصاص، الانتشار، الاستقلاب، وأخيراً الإخراج. وقد تؤدي هذه التغيرات في ديناميكية وحرائك الدواء إلى ظهور النتائج الإكلينيكية للتداخل بين الغذاء والدواء.

فقد يمكن لبعض الأدوية إحداث عدم تقبل، أو صعوبة في البلع أو حدوث آلام عند تناول الأطعمة، أو قد يحدث تغير في طعم أو رائحة الطعام مما يقلل من المتناول. وبالتالي فإن الأدوية المضادة لهذه المضاعفات مثل مضادات القيء والغثيان تحسن من تناول الأطعمة. هناك بعض الأدوية التي لها تأثيرات جانبية تعمل على فقد الشهية، فبصورة عامة، إن معظم الأدوية التي تعمل على تنبيه الجهاز العصبي المركزي تعمل على تثبيط الشهية، والعكس صحيح، فالأدوية التي تثبط الجهاز العصبي المركزي، مثل المهدئات أو مضادات الاكتئاب غالباً ما تعمل على تعزيز الشهية.

ويمكن أن يؤثر تناول الأدوية في امتصاص الأغذية من خلال تغيير حموضة المعدة يمكن أن تعارض مضادات الحموضة مع امتصاص حمض الفوليك، وفيتامين B12، أو تغير في حركة الأمعاء تزيد المسهلات من حركة الأمعاء مما يقلل من فترة امتصاص العديد من المغذيات، أو تحدث تفاعلاً مع بعض الإنزيمات الهاضمة (ويقلل من امتصاص الأحماض الصفراوية، مما يقلل من امتصاص الفيتامينات الذوابة بالدهن)، أو قد تحدث أضراراً للخلايا المخاطية.

وقد تتعارض بعض الأدوية مع عملية الاستقلاب لواحد أو أكثر من المغذيات. فقد تتشابه بعض الأدوية في تركيبها الكيميائي لبعض المغذيات مما يجعلها تحل محلها في إحدى مراحل الاستقلاب، فالميثوتريكسات يعد مثالاً للتأثير الواضح على استقلاب مغذ واحد، حيث يتشابه الميثوتركسات مع حمض الفوليك من ناحية التركيب الكيميائي، مما يؤدي إلى التنافس على الإنزيم الذي يحول حمض الفوليك إلى الصورة الفعالة، وبالتالي يحرم الخلايا السليمة من توفر حمض الفوليك الفعال وأيضا يؤدي تناول الميثوتريكسات إلى ظهور أعراض عوز حمض الفوليك.

 وغالبا ما تؤثر الأدوية على فاعلية إنزيمات الكبد التي تعمل على استقلاب الفيتامينات فمثلا مضادات الصرع مثل الفينوباربيتال والفنيتون تحث الإنزيمات التي تقوم باستقلاب حمض الفوليك وفيتامين D وفيتامين K، ومن ثم يجب على المريض الذي يتناول هذه الأدوية أن يتناول مكملات غذائية تحتوي على هذه الفيتامينات.

 كما توجد عوامل كثيرة تؤثر على فاعلية دواء الوارفارين وهو دواء مضاد للتخثر. وأهم هذه العوامل هو فيتامين K المشابه للتركيب الكيميائي للوارفارين. ويعمل الوارفارين على إعاقة الإنزيم المسؤول عن تفعيل فيتامين K إلى الصورة الفعالة، وبالتالي يمنع تكوين عوامل التخثر. وتعتمد جرعة الوارفارين الموصوفة أساساً على كمية فيتامين K في الأطعمة. فإذا زادت كمية المتناول من الأطعمة أو المكملات الغذائية بصورة عالية، فإن ذلك سوف يضعف من فاعلية الدواء. ولذلك ينصح الذين يتناولون دواء الوارفارين بتنظيم المتناول من فيتامين K بكمية ثابتة للمحافظة على فاعلية الدواء بمستوى ثابت.

ويؤدي استعمال الزيوت المعدنية كمادة ملينة أو مسهلة إلى التقليل من امتصاص الفيتامينات الذوابة بالدهن.