وسار كل شيء صوب الحرب الاهلية. واعتمد الملك علي الانجليكان والكاثوليك وبعض السادة واستند الي المناطق الشمالية والغربية، اما البرلمان فقد اعتمد على شرق وانجلترا وجنوبها، وكان يحظى بتأييد البورجوازيين ورجال الصناعة والتجار واصحاب السفن، والبيوريتان والمستقلين. وحاول الملك ان يتحالف مع الأيرلنديين، اما البرلمان فانه دخل في مفاوضات مع اسكتلندا وانتهي سنة 1643 بانضمام وانجلترا الي الميثاق، وتعاهد الانجليز والأسكتلنديين على ان يعيشوا اخوه، مترابطين ضد الاتجاه البابوي، ومن اجل الدفاع عن حقوق البرلمان والحريات الوطنية، وموحدين المملكتين في تحالف قوي.

وكانت الحرب الاهلية قد نشبت منذ عام قبل التوقيع على هذه المعاهدة السياسية والدينية بعام. وظلت لمدة ثلاثة سنوات. وتمكنت قوات الملك، المسماة بالفرسان، من احرار انتصارات اولى، خاصة وان جيش البرلمان كان غير منظم. ولكن كرومويل عمل على تغيير هذه الظروف، وابتداء من سنة 1644، بإنشائه جيشا جديدا. وكان اوليفر كرومويل عضوا في مجلس العموم، فبدا بجمع فرقة من الرجال الاتقياء، من مذهب المستقلين، وكانت الحرب بالنسبة إليهم حربا مقدسة، وكانت الترقية لرتبة الضباط تتم بناء على الكفاءة والشجاعة. واصبحت هذه الفرقة نواة للجيش الجديد، وبخاصة بعد ان قرر البرلمان اعادة تنظيم الجيش كله على هذا الاساس، وتمكن كرومويل من إنزال هزيمة ساحقة بجيش الملك في 14 يونيو سنة 1645 في ناربني. ولقد حاول الملك، لمدة عام وبلا جدوى، تكوين جيش جديد، ثم ذهب الي معسكر الأسكتلنديين، وهو يعتقد انهم سيقفون في صفه، وبصفته ملكهم، ولكنهم طلبوا اليه الانضمام الي الميثاق، وحين رفض، وقاموا بتسليمه للإنجليز، نظير مبلغ 400,000 جنيه، فانتهت بذلك الحرب الأهلية.

وظل الملك في السجن. ونشب خلاف بين البرلمان والجيش. وكانت غالبية اعضاء البرلمان من البيوريتان بينما كان الجيش من المستقلين. وكان البيوريتان يرغبون في ادخال المستقلين الي المذهب البرسبيتاري بينما كان المستقلون يرغبون في سيادة التسامح، وحتى بالنسبة للكاثوليكيين. وراي اعضاء البرلمان ان من مصلحتهم حل الجيش، والقضاء على سلطته الجديدة. وافاد الملك من هذا الخلاف. ولقد تمت مفاوضات بين البرلمان والملك على اساس اعتناقه للمذهب البيوريتاني، واعادته للسلطة، وتمت مفاوضات من جانب اخر بين الملك وبين المجلس المكون نتيجة لانتخاب اثنين عن كل كتيبة من كتائب الجيش، على اساس ضمان التسامح، وترك امر تعيين ضباط الجيش لمدة عشر سنوات في ايدي البرلمان. وحاول الملك من جانبه ان يضرب البرلمان بالجيش، وذلك في الوقت الذي حاول فيه اعادة اشعال الحرب الاهلية، ومستندا الي الأسكتلنديين وبعض حركات المدن. ولكن كرومويل تمكن من ضرب هذه الحركات، واحتل ادنبره.

ولقد حاول الملك الهروب الي جزيرة وايت، حيث تم القبض عليه، وتم الاستيلاء على خطابات تدينه، فقرر الجيش ضرورة عقابه، وطلب الي البرلمان محاكمته. ولكن البرلمان اتفق الملك، فقام الضباط بانقلاب، وطهروا البرلمان، بطرد 140 نائبا من اعوان شرل الاول، في 6 ديسمبر سنة 1648، واضطر الباقون، وهم اقلية، الي الموافقة على محاكمة الملك. واستمرت المحاكمة تسعة ايام، ورفض الاجابة، فادين، وأعدم يوم 9 فبراير سنة 1649.