ليس هناك شك في إحراز تقدم كبير في تحليل المضمون بمساعدة الحاسب الألى، لكن في رأي " بيرج" إننا لا نزال في مرحلة مبكرة نسبيا في استخدام أجهزة الكمبيوتر لهذا الغرض، حيث يقول أنه مع أي برنامج لتحليل المضمون لا يزال على الباحث معرفة المعنى النظري للمضمون والذي لم يكشف بعد، كما أنه يعتبر إنشاء جهاز يمكنه تقديم نتائج ووصف أهميتها التحليلية يتطلب توفر ذكاء اصطناعي كامل للكمبيوتر يمكن أن يأخذ عقوداً من الزمن لكي يتحقق  كما يرى الكثير من العلماء قدرة أجهزة الكمبيوتر على ترميز بيانات المحتوى بطريقة أسهل، كما يتوقع أن يستمر تطوير برامج الكمبيوتر على نحو متزايد، إلا أنه يجب أن نؤكد أن الكمبيوتر هو مجرد أداة، فهو ليس له أي قيمة بدون التفكير السليم للباحث الذي يجب أن يختار مشكلات ذات مغزى، وتحديد المواد التي ستستخدم في التحليل، ووضع الفئات التي تعكس القضايا النظرية، وكذلك إعطاء معنى للبيانات المجمعة.

فإن استخدام الكمبيوتر في ترميز البيانات بدلاً من الترميز اليدوي له أيضاً عيوب. فلقد قارن کونوای عام 2006م بين نتائج الترميز باستخدام الكمبيوتر مع ذلك الترميز يدويا، فوجد أن استخدام الكمبيوتر كان أفضل في المهام البسيطة مثل عد الكلمات، لكن كان الترميز اليدوي أفضل فيما يتعلق أكثر بدقة الترميز.

تجد آخر يتعلق بطبيعة الإنترنت، حيث تتم إضافة مواقع إلكترونية جديدة في كل وقت، ومواقع أخرى تزول عن الوجود، كما أن محتوى المواقع الإلكترونية في تغير مستمر، فمثلاً إجراء تحليل المضمون في شهر إبريل لا يعطى نفس النتائج عند القيام به في شهر مايو، فلابد وأن يتأكد الباحثون من أن القائمين بالترميز يتعرضون إلى نفس المادة، حيث أن بعض المواقع قد تقدم النص فقط أو نسخة من صورة للموقع، وهذه الإصدارات لها معاني مختلفة في المحتوى، هذه القابلية للتغيير لها تأثير كبير على مصداقية عملية الترميز، حيث يجب فحص المصداقية في أسرع وقت ممكن للحد من مشكلة تغيير المحتوى باستمرار، كما أنه هناك تحديات فيما يتعلق بتحديد وحدة التحليل، هل هي الصفحة الرسمية؟ أم الموقع الإلكتروني بكامله؟.