تخزن ثمار الفلفل في مجال حراري يتراوح من ۷ - ۱۰°م مع رطوبة نسبية تتراوح من 90 - 95٪. ويمكن لثمار الفلفل أن تحتفظ بجودتها في هذه الظروف لمدة 3 أسابيع إن كان التخزين في أوعية منفذة للرطوبة، ولمدة 4 أسابيع إن كان التخزين في أكياس من البوليثلين المثقب. وتعرض ثمار الفلفل للإصابة بأضرار البرودة، إذا خزنت في درجة حرارة تقل عن ۷ م، وأهم أعراضها تكون نقر سطحية على الثمار (تظهر هذه النقر في خلال أيام قليلة من تخزين الثمار في درجة حرارة ^-۲ م)، وتصبح الثمار أكثر عرضة للإصابة بفطر الألترناریا Aternaria لدى إخراجها من المخازن. ويؤدي تحزين الثمار في درجة حرارة أعلى من ۱۰°م إلى سرعة نضجها، وزيادة فقدها للرطوبة، وذبولها.