يعتبر تعفن الطرف الزهري Blossom End Rot من أهم العيوب الفسيولوجية التي تظهر على ثمار الفلفل. وتبدو الأعراض على صورة منطقة متحللة، جلدية الملمس في الطرف الزهري للثمرة، تكون في البداية مائية المظهر ثم تجف، وتأخذ لونا بنيا ضاربا إلى الرمادي، وتصبح جلدية الملمس. تزداد شدة الإصابة في الثمار الأولى التي تعقد على النباتات الصغيرة التي مازال نموها الجذري محدودة، كما تزداد الإصابة في الظروف التالية:

(أ) عند نقص الرطوبة الأرضية.

(ب) عند نقص مستوى الكالسيوم، ويحدث ذلك أساسا في المزارع المائية.

(ج) عند زيادة مستوى المغنسيوم، وربما يرجع ذلك إلى أن زيادة المغنسيوم تؤدي إلى نقص امتصاص الكالسيوم. أما مستوى البوتاسيوم.. فيبدو أنه ليس له تأثير على شدة الإصابة.

ولتقليل ظهور هذه الحالة الفسيولوجية.. يوصي بغرس الشتلات عميقا في التربة، مع تجنب إثارة الجذور بالعزق بعد بدء الإثمار، والاهتمام بالري المنتظم، والتسميد الجيد بالكالسيوم خاصة في المزارع المائية.