كان لابي عبدالله (عليه السلام) عشرة اولاد  : اسمعيل، وعبدالله، وام فروة، امهم فاطمة بنت الحسين بن على بن الحسين بن علي بن ابي طالب .

وموسى (عليه السلام) واسحق ومحمد لام ولد.

والعباس، وعلى، واسماء وفاطمة، لأمهات  ولد شتى.

وكان اسمعيل اكبر الاخوة، وكان أبو عبدالله (عليه السلام) شديد المحبة له والبر به والاشفاق عليه وكان قوم من الشيعة يظنون انه القائم بعد أبيه والخليفة له من بعده، اذ كان أكبر اخوته سنا، ولميل أبيه اليه واكرامه له، فمات في حياة أبيه بالمدينة حتى دفن بالبقيع.

فلما مات الصادق (عليه السلام) انتقل فريق منهم إلى القول بإمامه موسى بن جعفر (عليه السلام) بعد أبيه (عليه السلام)، وافترق الباقون فريقين، فريق منهم رجعوا عن حياة اسمعيل وقالوا بإمامة ابنه محمد بن اسمعيل لظنهم ان الامامة كانت في ابيه، وان الابن احق بمقام الامامة من الاخ، وفريق ثبتوا على حياة اسمعيل، وهم اليوم شذاذ لا يعرف منهم أحد يومي اليه، وهذان الفريقان يسميان بالإسماعيلية، والمعروف منهم الآن من يزعم ان الامامة بعد اسمعيل في ولده، وولد ولده إلى آخر الزمان.

وكان عبدالله بن جعفر أكبر إخوته بعد اسمعيل ولم يكن منزلته عند أبيه كمنزلة غيره من ولده في الاكرام وكان متهما بالخلاف على أبيه في الاعتقاد، ويقال أنه كان يخالط الحشوية ويميل إلى مذهب المرجئة ؛ وادعى بعد ابيه الامامة، واحتج بانه أكبر اخوته الباقين، فاتبعه على قوله جماعة من أصحاب أبى عبدالله (عليه السلام)، ثم رجع أكثرهم بعد ذلك إلى القول بإمامة أخيه موسى (عليه السلام)، لما تبينوا ضعف دعواه، وقوة أمر أبى الحسن (عليه السلام)، ودلالة حقه وبراهين امامته، وأقام نفر يسير منهم على أمرهم، ودانوا بإمامه عبدالله بن جعفر، وهم الطائفة الملقبة بالفطحية، وانما لزمهم هذا اللقب لقولهم بإمامه عبدالله، وكان افطح الرجلين، ويقال  : انهم لقبوا بذلك لان داعيهم إلى امامة عبدالله كان يقال له عبدالله بن أفطح.

وكان اسحق بن جعفر من اهل الفضل والصلاح والورع والاجتهاد، وروى عنه الناس الحديث والآثار، وكان ابن كاسب اذا حدث عنه يقول : حدثنى الثقة الرضي اسحق بن جعفر، وكان اسحق يقول بإمامه اخيه موسى بن جعفر عليهما السلام، وروى عن أبيه النص بالامامة على أخيه موسى (عليه السلام).

وكان محمد بن جعفر سخيا شجاعا، وكان يصوم يوما، ويرى رأى الزيدية في الخروج بالسيف .

وروى عن زوجته خديجة بنت عبدالله بن الحسين، انها قالت : ما خرج من عندنا محمد يوما قط في ثوب فرجع حتى يكسوه، وكان يذبح كل يوم كبشا لأضيافه ؛ وخرج على المأمون في سنة تسع وتسعين ومأة بمكة، واتبعته الزيدية الجارودية، فخرج لقتاله عيسى الجلودي ففرق جمعه وأخذه وأنفذه إلى المأمون، فلما وصل اليه أكرمه المأمون وأدنى مجلسه منه ووصله، وأحسن جائزته فكان مقيما معه بخراسان يركب اليه في موكب من بنى عمه، وكان المأمون يحتمل منه مالا يحتمله السلطان من رعيته ؛ وروى ان المأمون أنكر ركوبه اليه في جماعة من الطالبيين الذين خرجوا على المأمون في سنة المأتيين فأمنهم، فخرج التوقيع اليهم  : لا تركبوا مع محمد بن جعفر، واركبوا مع عبدالله بن الحسين، فأبوا ان يركبوا ولزموا منازلهم، فخرج التوقيع  : اركبوا مع من أحببتم، فكانوا يركبون مع محمد بن جعفر اذا ركب إلى المأمون وينصرفون بانصرافه.

وتوفي محمد بن جعفر بخراسان مع المأمون، فركب ليشهده فلقيهم وقد خرجوابه، فلما نظر إلى السرير نزل فترجل ومشى حتي دخل بين العمودين، فلم يزل بينهما حتى وضع فتقدم وصلى عليه ثم حمله حتى بلغ به القبر، ثم دخل قبره فلم يزل فيه حتى بنى عليه، ثم خرج فقام على القبر حتى دفن، فقال له عبيدالله بن الحسين ودعي له : يا أمير المؤمنين انك قد تعبت اليوم فلو ركبت؟ فقال المأمون : ان هذه رحم قطعت من مأتى سنة.

وروى عن اسماعيل بن محمد بن جعفر انه قال : قلت لأخي وهو إلى جنبي والمأمون قائم على القبر : لو كلمناه في دين الشيخ فلا نجده أقرب منه في وقته هذا؟ فابتدأنا المأمون فقال : كم ترك ابوجعفر من الدين؟ فقلت له : خمسة وعشرين ألف دينار، فقال : قد قضى الله عنه دينه. إلى من أوصى؟ قلنا : إلى ابن له. يقال له يحيى بالمدينة، فقال : ليس هو بالمدينة وهو بمصر، وقد علمنا بكونه فيها ولكن كرهنا أن نعلمه بخروجه من المدينة لئلا يسوئه ذلك، لعلمه بكراهتنا لخروجه عنها.

وكان علي بن جعفر راوي للحديث، سديد الطريق، شديد الورع كثير الفضل ولزم أخاه موسي (عليه السلام)  وروى عنه شيئا كثيرا من الاخبار.

وكان العباس بن جعفر (رحمه الله) فاضلا نبيلا.

وكان موسى بن جعفر (عليهما السلام) أجل ولد أبى عبدالله (عليه السلام) قدرا، وأعظمهم محلا، وأبعدهم في الناس صيتا، ولم ير في زمانه اسخى منه ولا أكرم نفسا وعشرة، وكان أعبد أهل زمانه وأورعهم وأجلهم وأفقههم، واجتمع جمهور شيعة أبيه على القول بإمامته والتعظيم لحقه والتسليم لا مره.

ورووا عن أبيه (عليه السلام) نصوصا كثيرة عليه بالامامة، واشارات اليه بالخلافة، وأخذوا عنه معالم دينهم، ورووا عنه من الآيات والمعجزات ما يقطع بها على حجيته، وصواب القول بامامته.