ترتبط الشفافية بمدى تغلغل الضوء ( الأشعة الضوئية ) نحو القاع. وتتوقف هذه الشفافية على كمية الرواسب العالقة بالماء ونوع هذه الرواسب وكذلك على نوعية الضوء الساقط على الماء وشدته ( طريح شرف، ص١٦٦) وكانت الطريقة التقليدية المستخدمة في قياس الشفافية عبارة عن تدلية قرص أبيض قطره ٣٠ سم ( ١٢ بوصة ) يعرف بقرص سيكي secchi-disc تدلية بصورة عمودية في مياه البحر إلى أن يختفي عن النظر، وعندئذٍ يقاس العمق الذي اختفي عنده، ومن ثم فإن هذا العمق يعبر عن الشفافية، وعادة ما يكون هذا العمق صغيرا في المياه الشاطئية ويتراوح بها ما بين خمسة إلى خمسة وعشرين مترا ويتزايد بالابتعاد عن الشاطئ، وقد سجل أكبر عمق للشفافية حتى الآن في مياه بحر " سرجاسو "  وكان ٦٦ مترا، أما بالنسبة للطرق الحديثة لقياس الأعماق، فمن أكثرها استخداما طريقة استخدام الخلايا الكهروضوئية لقياس الأعماق، ويتم ذلك بوضع قرص معدني حساس للضوء في صندوق من الزجاج يدلى في الماء بحيث يسقط عليها الضوء ويتولد من ذلك تيار كهربائي تسجل قوته في جهاز خاص فوق سطح السفينة، وتتناسب هذه القوة مع قوة الضوء في العمق المطلوب تحديده.

وجدير بالذكر أن الموجات الشمسية الساقطة على سطح الماء لا تتغلغل بأكملها ولكن جزءا منها يرتد إلى أعلى تبلغ نسبته نحو ٣٠ % من جملة الأشعة ونظرا لاختلاف طول هذه الموجات الإشعاعية فإن الأشعة القصيرة منها تصل إلى أعماق بعيدة والعكس مع الموجات الطويلة مثل الحمراء والتي تمتص بالقرب من السطح ( عادة ما لا تتعمق  إلى أبعد من خمسة عشر مترا من السطح، بينما تتغلغل الأشعة الصفراء حتى عمق مائة متر ).

والواقع أن لشفافية المياه دور كبير في تحديد ما يعرف ب " المنطقة الضوئية الفعالة " وهي المنطقة الغنية بالأحياء البحرية من نباتات وحيوانات دقيقة حيث لا يخفي ما للضوء من أهمية قصوى في عملية التمثيل الكلورفيللي اللازمة لتكون المادة العضوية في البحر والتي تقوم بها تلك الكائنات الدقيقة المعروفة بالبلانكتون النباتي Phytoplankton والبلانكتون الحيواني Zooplankton والتي لا بد لها من قدر من الطاقة الضوئية، وكذلك نجد زيادة وازدهار في تكاثر الفيتوبلانكتون في العروض المدارية بسبب قوة الضوء والعكس صحيح فيما يختص بمناطق العروض العليا ( شريف، ص ١٦١).