استطاع الشاه إسماعيل الصفوي بالقضاء على دولة الآق قوينلو التركمانية التي حكمت العراق، وكان سقوط بغداد على يد الشاه إسماعيل في سنة ٩١٤ ه‍، فذهب في اليوم الثاني من دخوله بغداد إلى زيارة العتبات المقدسة في كربلاء والنجف، ثم أمر بتذهيب حواشي الضريح الحسيني، وأهدى اثني عشر قنديلا من الذهب، كما أهدى الشاه نفسه شبكة فضية أي صندوقا بديع الصنع للحائر المقدس، ويظهر أن الصندوق الذي أمر به الشاه إسماعيل لم يتم إلا في عام

٩٣٢ ه‍ . ويذكر عباس العزاوي عن حوادث ٩١٤ ه‍ فيقول: " وفي اليوم التالي (أي في ٢٦ جمادى الثانية) ذهب الشاه إسماعيل إلى زيارة كربلاء المشرفة وصنع الصندوق المذهب للحضرة، ووقف فيه اثني عشر قنديلا من الذهب، وفرش الرواق بأنواع المفروشات القيمة، واعتكف هناك ليلة ثم رجع في اليوم التالي متوجها إلى الحلة ومنها إلى النجف " .

وقد جاء أيضا عن زيارته لكربلاء، وما قام به من خدمات جليلة للروضة المقدسة، والسكان المجاورين في تاريخ حبيب السير ذكر المرحوم الدكتور عبد الجواد الكليدار: " بعد أن تم فتح بغداد ودخلها الشاه إسماعيل منتصرا في ٢٥ جمادي الثاني سنة ٩١٤ ه‍ بين هتاف الاهلين، ففزع في اليوم الثاني على طواف العتبات المقدسة، فتوجه إلى كربلاء، وعند الوصول إليها أدى مراسم الزيارة بكل دقة، وراعى شروط التشرف بكل احترام، فقبل العتبة المقدسة بخشوع وورع تام، ومرغ خديه على تراب تلك العتبة السامية، مناجيا روح سيد الشهداء عليه آلاف التحية والثناء، ومستمدا النصر من الله تعالى ".

فأنعم على مجاوري الروضة المنورة بأنواع الهدايا، وكسا الصندوق القبر الشريف بأثواب من أفخر أنواع الحرير المزركش والموشي بالذهب والفضة، ونصب فوق القبر المطهر اثني عشر قنديلا أفخر من الذهب الخالص تتلألأ كل واحدة منها كالشمس في رابعة النهار، وفرش الروضة الشريفة بأنواع البسط الحريرية البديعة والدقيقة الصنع، وأقام الولائم الملوكية الفاخرة لسدنة الحرم المقدس وخدامه.

وقد قضى ذلك الملك العلوي العظيم ليلة كاملة من أولها إلى طلوع الشمس وهو معتكف في الحائر مكبا على قبر جده الحسين (عليه السلام) ثم يصف زيارة الشاه للنجف الأشرف، والكاظمية وسامراء فيقول: " وعند العودة إلى بغداد انصرف الشاه مرة أخرى إلى تعظيم العتبات المقدسة وتجليلها، فقرر أن يكون لكل واحدة منها (نقارة خانه) تقوم بأداء التحية الملكية لتلك المشاهد صباحا ومساء على نمط بلاط الملوك وقصورهم كما هو جار لحد الآن بمشهد الرضا (عليه السلام)، ثم أمر بتجميع نخبة ممتازة من البارعين في صناعة الفسيفساء (الخاتم) بالتنبيت والتطعيم في الخشب من أطراف البلاد، فأمر بصنع ستة صناديق خاتم من الفسيفساء مزينة بالنقوش الاسليمية والختائية لمراقد الأئمة في كربلاء والنجف والكاظمية وسامراء بدلا من صناديقها القديمة " .

وفي سنة ٩٨٤ ه‍ مات الشاه طهماسب الصفوي مسموما وخلفه ابنه إسماعيل مرزا الذي كان سجينا في قلعة الموت، وفي هذه الأيام صدرت الإدارة الهمايونية بتعيين علي باشا واليا على بغداد، وبأمر من السلطان شيد ضريح سيد شباب أهل الجنة (عليه السلام) وكذلك شيد المسجد والرواق والقبة، وعمر أيضا قباب شهداء كربلاء.

وقد أمرت زوجة نادر شاه كريمة السلطان حسين الصفوي بتعمير المسجد المطهر عام ١١٥٣ ه‍، وأنفقت لذلك أموالا طائلة . أما في العهد القاجاري تم تذهيب قبة الحسين (عليه السلام) ثلاث مرات، فقام السلطان انما محمد خان مؤسس الدولة القاجارية في إيران بتذهيب القبة سنة

١٢٠٧ ه‍.

أما التذهيب الثاني فقد حصل في عهد السلطان فتح علي شاه القاجاري، لأن التذهيب كان أسود فكتب إليه أهالي كربلاء بذلك، فأمر الشاه بقلع الأحجار الذهبية القديمة واستبدالها بالذهب الجديد، كما أنه أهدى شبكة فضية بتاريخ ١٢١٤ ه‍ وهي إلى اليوم ما زالت موجودة على القبر الشريف، وفي هذا الدور تبرعت زوجته بتذهيب المأذنتين .

أما التذهيب الثالث للقبة السامية ذكره المرحوم عبد الجواد الكليدار، حيث قال: كما تجده مكتوبا على القسم الأسفل من القبة السامية فوق الشبابيك المطلة على داخل الروضة بسطر من ذهب في ضمن الآيات القرآنية المكتوبة في الكتيبة من حول القبة، وكذلك توسيع الصحن من ناحية الغرب وتشييد الجامع الناصري العظيم فوق الرأس فكان كله على عهد ناصر الدين حفيد فتح علي شاه وذلك في أوائل الربع الأخير من القرن الثالث عشر الهجري، وذلك أن الشاه في سنة ١٢٧٦ ه‍ وجه كبير علماء إيران المرحوم الشيخ عبد الحسين الطهراني (رحمه الله) بأموال طائلة إلى كربلاء لإجراء ما يلزم للعتبات المقدسة من الإصلاح والتجديد والتعمير .