أما عمارة القبر الموجودة حاليا فقد تمت في عهد السلطان أويس الاليخاني الجلائري، ثم أتم بناءه بعده ولداه السلطان حسين والسلطان أحمد، وشيدا البهو الإمامي المعروف بإيوان الذهب، أما الرواق الغربي للروضة فقد شيده عمران بن شاهين كما مر بنا، ويعرف اليوم برواق السيد إبراهيم المجاب، ويطلق على الرواق الشرقي برواق انما باقر البهبهاني شيخ الطائفة في عصره، وعلى قبره صندوق خشبي بديع الصنع، وفي الواجهة الإمامية للروضة رواق حبيب بن مظاهر الأسدي.

أما الرواق الشمالي للروضة فيعرف برواق الشاه نسبة إلى وجود مقبرة بعض الملوك القاجاريين، ويقع خلف مسجد عمران بن شاهين . بقي الحائر الحسيني مصونا من الهدم والتخريب على الرغم من تعرض العراق بعد انقراض دولة بني العباس إلى الاحتلال الأجنبي، وتعاقب الدويلات على حكمه، وكان المحتلون على مختلف طبقاتهم يكنون الود والمحبة لهذا الصرح الشامخ، فيهرعون لعمارته وإصلاحه بما يتناسب ومكانته السامية في نفوس المسلمين، فيعظمونه أجل التعظيم، حتى اتخذه بعضهم مقرا أبديا لموتاهم حيث يطمعون في ذلك بالنجاة في يوم لا ينفع مال ولا بنون.

ومن ذلك الحين أصبح الحائر الحسيني غرة في جبين الزمان، وصرحا شاهدا على جرائم الطغاة والظلمة على مر العصور. ولم تمتد إليه يد العبث والتخريب، إلا في حالات نهب أو سرقة تحدث بين فترة وأخرى، فقد تعرض الحائر المقدس للنهب على يد المشعشعين في سنة ٨٥٨ ه‍ أي في النصف الأخير من القرن التاسع، وكان هؤلاء من الغلاة، وكان رئيسهم محمد بن فلاح الذي استطاع أن يبسط نفوذه على جميع الأهواز وأحرق الحجر الدائر على قبة الإمام

علي بن أبي طالب (عليه السلام)، وجعل القبة مطبخا للطعام وكان يقول: إنه رب والرب لا يموت.

ثم استولى على الأمور ابنه علي الذي ادعى بأنه قد حلت فيه روح أمير المؤمنين (عليه السلام) وأن عليا حي، فأغار بجيشه على العراق ونهب المشاهد المشرفة، وأساء الأدب إلى العتبات المقدسة، وقد عجز الأب عن إصلاحه وتأديبه، وكلما احتج الأمراء والملوك على أعمال ولده كان يظهر لهم العجز في الرسائل التي تبودلت بينهم، ولم يكتف بهذا الحد على ما يروى فقد ادعى الألوهية ، وكان ذلك في سنة ٨٥٨ ه‍، وقد عاش علي بن محمد بن فلاح على هذه السيرة إلى أن قتل بسهم أصابه في حصاره لقلعة بهبهان في سنة ٨٦١ ه‍، فنال بذلك بعد ثلاث

سنوات جزاء ما ارتكبه نحو الحائر المقدس .