عندما تولى العباسيون السلطة، وتمكنوا من القضاء التام على خصومهم الأمويين، أرادوا التقرب إلى العلويين، وخصوصا في عهد السفاح الذي فسح المجال لزيارة قبر الحسين (عليه السلام)، فلم يزل البناء والمسجد والقبر المطهر بعيدا عن انتهاكات العباسيين في بداية دولتهم، لكن في زمن الخليفة المنصور صاروا يجاهرون بمعاداتهم للعلويين والتضييق عليهم، فنكل المنصور بآل الحسن، فمنهم من قتل ومنهم من هرب على وجه، متذرعا بالثورة عليه التي قام بها محمد بن عبد الله بن الحسن بالمدينة، وأخيه إبراهيم الذي ثار من بعده في البصرة.

كما أراد التخلص من بيعة كانت في عنقه لمحمد بن عبد الله بن الحسن الملقب (بالنفس الزكية). ولما انتهت هاتين الثورتين بالفشل تفرغ للتنكيل بآل علي (عليه السلام) فزج عددا كبيرا منهم في السجن، ثم تجاوز باعتداءاته على العلويين، حتى طالت القبر الشريف للإمام الحسين (عليه السلام)، وقبر أمير المؤمنين علي بن أبي طالب (عليه السلام)، ففي رواية صفوان الجمال، قال: " أخبرني مولى لنا، عن مولى لبني عباس، قال: قال لي أبو جعفر المنصور: خذ معك معولا وزنبيلا وامض معي، قال: أخذت ما قال وذهبت معه ليلا، حتى ورد الغري فإذا بقبر، فقال: احفر، فحفرت حتى بلغت اللحد " .

لقد دفع المنصور حقده الدفين الذي يكنه لآل علي (عليه السلام)، لأنه يراهم أحق منه بخلافة المسلمين، وإن المجلس الذي أجلس فيه ما كان يأتيه إلا عن طريق شيعة أهل البيت في خراسان والكوفة، ودعوتهم في بداية أمرهم للرضا من آل محمد (صلى الله عليه وآله وسلم)، وكان المنصور نفسه يرى أحقيتهم في الخلافة، فسبق كما قلنا إنه بايع محمد بن عبد الله بن الحسن (ذو النفس الزكية)، في اجتماع ضم بني هاشم لاختيار المرشح للخلافة، عندما بدأ حكم بني أمية في الانحلال في السنين الأخيرة من عهدهم.

وكذلك بايع السفاح والمنصور عبد الله بن معاوية بن جعفر بن أبي طالب (عليه السلام) عندما ثأر في عهد خلافة إبراهيم بن الوليد الأموي، وقد استطاع بن معاوية هذا أن يبسط نفوذه على أصبهان، وقومس، وحلوان، والري، ففي رواية أبي الفرج الأصفهاني أنه قال: " إنه سيطر على مياه البصرة ومياه الكوفة وهمدان وقم والري وفارس وأقام هو بأصبهان " ، " فقصدته بنو هاشم جميعا منهم السفاح والمنصور وعيسى بن علي " .

وعندما انتهت حركة ابن معاوية بالفشل، كان عبد الله بن علي بن عبد الله بن عباس ضمن الأسرى الذين أسرتهم القوات الموالية لبني أمية، ثم شفع فيه وأطلق سراحه .

ولما آلت الأمور إلى بني العباس أرادوا أن يتحرروا من بيعة العلويين، فأرهبوهم بالخوف والترهيب، حتى زجوا بهم في السجون، واستعملوا معهم شتى وسائل القهر والتعذيب، وكان ابتداء هذا الانحراف الذي صار علنا في زمن أبي جعفر المنصور، وإن كان في دولتهم مستورا وخفيف الوطأة في بداية الأمر.