يؤثر المطر الحمضي في الغابات والنباتات من خلال تغيير خصائص التربة والمياه والأنسجة النباتية، وتزداد خطورته عندما يتكرر لفترات طويلة. فعندما تسقط الأمطار المحملة بالمركبات الحمضية على الغابات، تصل هذه المواد إلى التربة وتؤدي إلى زيادة حموضتها، مما يغير توازن العناصر الغذائية الضرورية لنمو النباتات.
وتؤدي زيادة حموضة التربة إلى فقدان بعض العناصر الغذائية مثل الكالسيوم والمغنيسيوم والبوتاسيوم، وهي عناصر مهمة لبناء الأنسجة النباتية واستمرار النمو. وفي الوقت نفسه قد تزداد قابلية بعض المعادن، مثل الألومنيوم، للذوبان والانتقال في التربة، ويمكن أن تصبح تراكيزه المرتفعة ضارة بجذور النباتات.
كما يمكن أن تتضرر أوراق الأشجار والإبر النباتية نتيجة الترسبات الحمضية، فتضعف قدرتها على القيام بعملية البناء الضوئي. ومع استمرار التأثير قد تظهر علامات مثل اصفرار الأوراق، ضعف النمو، جفاف أجزاء من النبات، وتساقط الأوراق أو الإبر في بعض الأنواع.
وتكون الأشجار في المناطق المرتفعة أكثر تعرضا أحيانا؛ لأن الضباب والسحب الحمضية يمكن أن تلامس الأوراق مباشرة، إضافة إلى الأمطار. ويؤدي ضعف الأشجار إلى انخفاض قدرتها على مقاومة الجفاف والبرد والأمراض والحشرات، مما يجعل الغابة أكثر هشاشة أمام الظروف البيئية الأخرى.
ومن الناحية الجغرافية، لا تتأثر جميع الغابات بالطريقة نفسها؛ فدرجة التأثر تعتمد على نوع التربة، وكمية الأمطار، وطبيعة الصخور، ونوع الغطاء النباتي، وكمية الملوثات القادمة من المناطق الصناعية. وقد تنتقل الملوثات بالرياح لمسافات بعيدة، لذلك يمكن أن تتضرر غابات بعيدة عن مصدر الانبعاثات.
وبذلك فإن المطر الحمضي لا يقتل النباتات بالضرورة بصورة مباشرة، وإنما قد يؤدي تدريجيا إلى إضعاف التربة والجذور والأوراق، وتقليل نمو الأشجار، وتغيير تركيب الغطاء النباتي، والتأثير في التنوع الحيوي للغابات.