أنّ الرشيد قبضه (عليه السلام ) لمّا ورد إلى المدينة قاصداً للحجّ  وقيّده واستدعى قبتين جعله في إحداهما على بغل وجعل القبّة الاُخرى على بغل آخر  وخرج البغلان من داره مع كلّ واحد منهما خيل  فافترقت الخيل فمضى بعضها مع إحدى القبّتين على طريق البصرة  وبعضها مع الاخرى على طريق الكوفة  وكان (عليه السلام ) في القبة التي تسير على طريق البصرة وإنّما فعل ذلك الرشيد ليعمي على الناس الخبر وأمر أن يُسلّم إلى عيسى بن جعفر بن المنصور فحبسه عنده سنة  ثمّ كتب إليه الرشيد في دمه فاستعفى عيسى منه  فوجّه الرشيد من تسلّمه منه  وصيّر به إلى بغداد  وسلّم إلى الفضل بن الربيع وبقي عنده مدّة طويلة  ثمّ أراده الرشيد على شيء من أمره فأبى فأمر بتسليمه إلى الفضل بن يحيى فجعله في بعض دوره ووضع عليه الرصد  فكان (عليه السلام ) مشغولاً بالعبادة  يحيي الليل كلّه صلاة وقراءة للقرآن ويصوم النهار في أكثر الأَيّام ولا يصرف وجهه عن المحراب فوسّع عليه الفضل بن يحيى وأكرمه .

فبلغ ذلك الرشيد وهو بالرقّة فكتب إليه يأمره بقتله فتوقّف عن ذلك فاغتاظ الرشيد لذلك وتغّير عليه وأمر به فادخل على العبّاس بن محمد وجرّد وضرب مائة سوط  وأمر بتسليم موسى بن جعفر (عليهما السلام) إلى السندي ابن شاهك .

وبلغ يحيى بن خالد الخبر فركب إلى الرشيد وقال له : أنا أكفل بما تريد ثمّ خرج إلى بغداد ودعا بالسندي وأمره فيه بأمره فامتثله وسمّه في طعام قدّمه إليه ويقال : إنّه جعله في رطب أكل منه فأحسّ بالسّم ولبث بعده موعوكاً ثلاثة أيّام ومات (عليه السلام ) في اليوم الثالث ؛ ولما استشهد (صلوات الله عليه) أدخل السنديّ عليه الفقهاء ووجوه الناس من أهل بغداد وفيهم الهيثم بن عديّ  فنظروا إليه لا أثر به من جراح ولا خنق  ثمّ وضعه على الجسر ببغداد وأمر يحيى بن خالد فنودي : هذا موسى بن جعفر الذي تزعم الرافضة أنّه لا يموت قد مات فانظروا إليه  فجعل الناس يتفرّسون في وجهه وهو ميّت ثمّ حمل فدفن في مقابر قريش وكانت هذه المقبرة لبني هاشم والأَشراف من الناس قديماً .

وروي : أنّه (عليه السلام ) لمّا حضرته الوفاة سأل السندي بن شاهك أن يحضره مولى له مدنيّاً ينزل عنه دار العبّاس في مشرعة القصب ليتولّى غسله وتكفينه  ففعل ذلك .

قال السندي بن شاهك : وكنت سألته أن يأذن لي في أن أكفّنه فأبى وقال : أنّا أهل بيت مهور نسائنا وحجّ صرورتنا وأكفان موتانا من طاهر أموالنا وعندي كفني وأريد أن يتولّى غسلي وجهازي مولاي فلان فتولّى ذلك منه .

وقيل : انّ سليمان بن أبي جعفر المنصور أخذه من أيديهم وتولّى غسله وتكفينه وكفّنه بكفن فيه حبرة استعملت له بألفي وخمسمائة دينار مكتوب عليها القرآن كلّه ومشى في جنازته حافياً مشقوق الجيب إلى مقابر قريش فدفنه هناك .