قال محمّد بن طلحة : هو من عظماء أهل البيت وساداتهم ، ذو علوم جمّة، وعبادة موفورة، وزهادة بيّنة، وتلاوة كثيرة، يتبع معاني القرآن الكريم، ويستخرج من بحره جواهره، ويستنتج عجائبه، ويقسّم اوقاته على انواع الطاعات بحيث يحاسب عليها نفسه، رؤيته تذكّر بالآخرة، واستماع كلامه يزهد في الدنيا، والاقتداء بهداه يورث الجنّة، نور قسماته شاهد انّه من سلالة النبوّة وطهارة أفعاله تصدع انه من ذرّية الرسالة : نقل عنه الحديث واستفاد منه العلم جماعة من اعيان الائمّة واعلامهم، مثل: يحيى بن سعيد الانصاري، وابن جريج، ومالك بن انس، والثوري، وابن عيينة، وأبي حنيفة، وشعبة، وأبو أيّوب السجستاني وغيرهم، وعدوا اخذهم عنه منقبة شرّفوا بها وفضيلة اكتسبوها .

ذكر أبو القاسم البغّار في مسند أبي حنيفة : قال الحسن بن زياد : سمعت أبا حنيفة وقد سئل : من أفقه من رأيت؟ .

 قال: جعفر بن محمد، لما اقدمه المنصور بعث إليّ فقال : يا ابا حنيفة انّ الناس قد فتنوا بجعفر بن محمد فهيّئ لي من مسائلك الشداد، فهيأت له أربعين مسألة، ثمّ بعث إلي أبو جعفر وهو بالحيرة فأتيته ؛ فدخلت عليه، وجعفر جالس عن يمينه، فلمّا بصرت به، دخلني من الهيبة لجعفر مالم يدخلني لابي جعفر، فسلمت عليه، فأومأ إليّ فجلست، ثمّ التفت اليه فقال : يا أبا عبد الله هذا أبو حنيفة ؛ قال : نعم اعرفه، ثمّ التفت اليّ فقال : يا أبا حنيفة ألق على ابي عبد الله من مسائلك فجعلت القي عليه فيجيبني فيقول : أنتم تقولون كذا، وأهل المدينة يقولون كذا، ونحن نقول كذا، فربّما تابعنا وربما تابعهم، وربّما خالفنا جميعاً حتى اتيت على الاربعين مسألة فما اخلّ منها بشيء ؛ ثمّ قال أبو حنيفة : أليس أنّ أعلم الناس اعلمهم باختلاف الناس .

وعن مالك بن أنس : جعفر بن محمد اختلفت اليه زماناً فما كنت اراه إلاّ على احدى ثلاث خصال: امّا مصلّ وأما صائم وأمّا يقرأ القرآن، وما رأت عين ولا سمعت أذن ولا خطر على قلب بشر افضل من جعفر بن محمد الصادق علماً وعبادة وورعاً .

وعن أبي بحر الجاحظ مع عدائه لأهل البيت : جعفر بن محمد الذي ملأ الدنيا علمه وفقهه، ويقال : إنّ أبا حنيفة من تلامذته وكذلك سفيان الثوري، وحسبك بهما في هذا الباب .