تخلف الإمام الصادق بعشرة أولاد سبعة ذكور وثلاث بنات ، وقيل ان أولاده أحد عشر سبعة ذكور وأربع بنات حسب الترتيب التالي: 
الإمام موسى بن جعفر ، ومحمد المعروف بالديباج لحسنه وجماله ، واسحاق وهو والديباج من أم واحدة ، وعلي وكان علي قد خرج على العباسيين في مكة في عهد المأمون وقد ظفر به وعفا عنه وحمله إلى خراسان فأقام عنده إلى أن مات سنة ثلاث ومائتين وحمل المأمون سريره على عاتقه فقيل له: يا أمير المؤمنين لو صليت عليه ورجعت فإنك قد تعبت فقال: هذه رحم قطعت منذ مائتي سنة ووصلناها اليوم.
و جاء في رواية الواقدي أنه كان قد بايعه أهل الحجاز وتهامة واستفحل امره فأسره المعتصم في بعض المعارك وأرسله إلى المأمون فأحسن إليه وكان متعبدا يصوم يوما ويفطر يوما وما خرج قط في ثوب وعاد وهو عليه.
و من أولاد الإمام اسماعيل الاعرج وهو الذي تنسب الفرقة الاسماعيلية بجميع فروعها إليه ، وقد توفي في حياة أبيه كما تنص على ذلك اكثر الروايات ، وعبد اللّه ، والعباس ، وأم فروة ، وأسماء ، وفاطمة الصغرى ، وقيل ان أمّ فروة اسمها اسماء وتكنى بأم فروة ، وفاطمة الكبرى ونص المفيد على أن اسماعيل وعبد اللّه وأم فروة أمهم فاطمة بنت الحسين بن علي بن الحسين بن علي بن أبي‏ طالب (عليه السلام) ، وموسى الإمام ومحمد الديباج واسحاق ثلاثتهم لأم واحدة اسمها حميدة البربرية ، والباقون من أولاده لأمهات شتى وأكبر اولاده عبد اللّه وبه كان يكنى ، وهو المعروف بالأفطح لعيب في رجله وإليه ينسب من قال بإمامته بعد أبيه من أصحاب الإمام الصادق.
و قبيل وفاته نص على امامة ولده موسى بن جعفر وأرشد اصحابه إليه كما تواترت بذلك النصوص الصحيحة وكانت وفاته في شوال من سنة 148هـ وقيل في النصف من شهر رجب عن ثمانية وستين عاما وقيل اكثر من ذلك.
و جاء في رواية الكليني عن أبي أيوب الجوزي أنه قال: بعث الي ابو جعفر المنصور في جوف الليل فدخلت عليه وهو جالس على كرسي وبين يديه شمعة وفي يده كتاب فلما سلمت رمى الي الكتاب وهو يبكي ، وقال: هذا كتاب محمد بن سليمان والي المدينة يخبرني ان جعفر بن محمد قد مات فإنا للّه وانا إليه راجعون واين مثل جعفر ثم قال: اكتب فكتبت صدر الكتاب وقال لي: اكتب ان كان اوصى الى رجل بعينه فقدمه واضرب عنقه فرجع الجواب من والي المدينة انه اوصى إلى خمسة: أبي جعفر المنصور ومحمد بن سليمان وعبد اللّه وموسى ابني جعفر وحميدة فقال المنصور: ليس الى قتل هؤلاء من سبيل.
و جاء في مروج الذهب انه توفي لعشر سنين خلت من خلافة المنصور سنة 148هـ ودفن بالبقيع مع أبيه وجده وجدته فاطمة وعمه الحسن وعلى قبورهم رخامة كتب عليها كما حكى ذلك المسعودي في مروجه وابن الجوزي في تذكرته:
بسم اللّه الرحمن الرحيم الحمد للّه مبيد الامم ومحيي الرمم هذا قبر فاطمة بنت رسول اللّه (صلى الله عليه واله) سيدة نساء العالمين وقبر الحسن بن علي وعلي بن الحسين بن علي بن أبي طالب ومحمد بن علي بن الحسين وجعفر بن محمد (عليه السلام) ، و قال أبو هريرة العجلي حينما حمل المشيعون جنازته:
اقول وقد راحوا به يحملونه‏        على كاهل من حامليه وعاتق‏
أ تدرون ماذا تحملون الى الثرى‏        ثبيرا ثوى من رأس علياء شاهق‏
غداة حثا الحاثون فوق ضريحه‏        ترابا وأولى كان فوق المفارق‏