اختلف المؤرّخون في البقعة التي حظيت بجثمانها المعظم ، وهذه بعض الأقوال : 
1 ـ في البقيع 
وذهب بعض المؤرّخين إلى أنّها توفّيت في يثرب ودفنت في بقيع الغرقد .
ويواجه هذا القول إنّها لو دفنت هناك لكان لها مرقد خاص كما هو الحال في غيرها من السادة المعظّمين من أبناء الاُسرة النبويّة . ومن المحتمل أنّها أوصت أن تُدفن في غلس الليل البهيم ، ويُعفى موضع قبرها ؛ تأسّياً باُمّها زهراء الرسول (صلّى الله عليه وآله) . 
2 ـ في الشام 
وأفاد فريق من المؤرّخين أنّها توفّيت في إحدى قرى الشام ، ويعزو بعضهم سبب سفرها إلى الشام أنّه حدثت في يثرب مجاعة عظيمة فهرب منها عبد الله بن جعفر مصاحباً معه زوجته العقيلة وسائر عائلته ، ولمّا انتهت العقيلة إلى ذلك المكان توفّيت فيه .
وحدوث المجاعة فيما نعتقد لا أساس له من الصحة ؛ لأنّ المؤرّخين والرواة لم يذكروا أنّه حدثت مجاعة في يثرب في ذلك الوقت ، مضافاً إلى أنّ عبد الله بن جعفر كان من الأثرياء المعدودين في المدينة ، فهل ضاق نطاقه عن إعاشة عائلته حتّى يذهب إلى الشام ؟ كما إنّه كان من أندى الناس كفّاً ، ومن أكثرهم إسعافاً وعطاءً إلى الفقراء والبؤساء ، فكيف يتركهم ينهشهم الجوع وينهزم إلى الشام التي هي مقرّ السلطة الاُمويّة التي نكبته بسيّد أُسرته وابن عمّه الإمام الحسين (عليه السّلام) ، وبولديه وغيرهما من أبناء الاُسرة النبويّة ؟! 
وعلى أيّ حال ، فإنّ المشهور في الأوساط الإسلاميّة أنّ قبر العقيلة في الشام حيث هو قائم الآن ، وقد اُحيط بهالة من التقديس والتعظيم ، وتؤمّه الملايين من الزائرين متبرّكين ومتوسّلين به إلى الله تعالى ، شأنه شأن مرقد أخيها أبي الأحرار (عليه السّلام) الذي صار أعزّ مرقد في الأرض .
والذي نذهب إليه هو أنّ قبرها الشريف في الشام ، وإليه ذهب الكثيرون من المحقّقين . 
3 ـ في مصر 
وذهب جمهرة من المؤرّخين إلى أنّ قبر الصدّيقة الطاهرة زينب (عليها السّلام) في مصر ، وهذا هو المشهور عند كافّة المصريين .
ولا بدّ لنا من وقفة قصيرة للحديث عن سبب هجرتها لمصر ، وما يتعلّق بمرقدها المعظّم . 
وذكر المؤرّخون أنّ العقيلة (عليها السّلام) أخذت تلهب العواطف ، وتستنهض المسلمين للأخذ بثأر أخيها والانتفاض على السلطة الاُمويّة ، والتي كان من نتائجها أنّ المدينة أخذت تغلي كالمرجل ، وأعلنت العصيان المسلح على حكم الطاغية يزيد ، فأرسل إليها جيشاً مكثّفاً بقيادة الإرهابي المجرم مسلم بن عقبة فأنزل بالمدنيّين أقصى العقوبات ، وأكثرها صرامة وقسوة ، وأرغمهم على أنّهم خول وعبيد ليزيد ، ومَنْ أبى منهم نفّذ فيه حكم الإعدام . 
وعلى أيّ حال ، فإنّ عمر بن سعيد الأشدق والي يثرب خشي من العقيلة (عليها السّلام) ، وكتب إلى يزيد خطرها عليه ، فأمره بإخراجها من المدينة إلى أيّ بلد شاءت ، فامتنعت وقالت : قتل ـ أي يزيد ـ خيارنا ، وساقنا كما تُساق الأنعام ، وحملنا على الأقتاب ، فوالله لا أخرج وإن اُهرقت دماؤنا . 
وانبرت إليها السيدة زينب بنت عقيل ، فكلّمتها بلطف قائلة : يا بنت عمّاه ، قد صدقنا الله وعده ، وأورثنا الأرض نتبوّء منها حيث نشاء ، فطيبي نفساً ، وقرّي عيناً ، وسيجزي الله الظالمين ، أتريدين بعد هذا هواناً ؟ ارحلي إلى بلد آمن . 
واجتمعنَ السيدات من نساء بني هاشم وتلطّفنَ معها في الكلام فأجابت ، واختارت الهجرة إلى مصر ، وصحبنها في السفر السيّدة فاطمة بنت الإمام الحسين (عليها السّلام) واُختها سكينة (عليها السّلام) .
وانتهت إلى مصر لأيام بقيت من ذي الحجّة ، وقد استقبلها والي مصر مسلمة بن مخلد الأنصاري فأنزلها في داره بالحمراء ، فأقامت فيه أحد عشر شهراً وخمسة عشر يوماً ، وانتقلت إلى جوار الله عشية يوم الأحد لخمسة عشر يوماً مضت من رجب سنة (62هـ) ، ودُفنت في دار مسلمة حيث مرقدها الآن في مصر . 
هكذا ذكر العبيدلي وغيره .