كان الامام ابو جعفر (عليه السلام) من أئمة المتقين في الاسلام فقد عرف الله معرفة استوعبت دخائل نفسه فاقبل على ربه بقلب منيب واخلص في طاعته كاعظم ما يكون الاخلاص .. , وروى المؤرخون أنه اذا اقبل على الصلاة اصفر لونه خوفا من الله وخشية منه فقد عرف عظمة الله تعالى خالق الكون وواهب الحياة فعبده عبادة المتقين والمنيبين.

وكان كثير الصلاة فكان يصلي في اليوم والليلة مائة وخمسين ركعة ولم تشغله شؤونه العلمية ومرجعيته العامة للأمة عن كثرة الصلاة فقد كانت اعز شيء عنده لانها الصلة بينه وبين الله.

جاء في الحديث أقرب ما يكون العبد الى ربه وهو ساجد فكان الامام (عليه السلام) في سجوده يتجه بقلبه وعواطفه نحو الله ويناجيه بانقطاع واخلاص وقد أثرت عنه بعض الادعية , ما رواه اسحاق بن عمار عن أبي عبد الله الصادق (عليه السلام) قال : كنت أمهد لأبي فراشه فانتظره حتى يأتي فاذا آوى الى فراشه ونام قمت الى فراشي وقد ابطأ علي ذات ليلة فأتيت المسجد في طلبه وذلك بعد ما هدأ الناس فاذا هو في المسجد ساجد وليس في المسجد غيره فسمعت حنينه وهو يقول : سبحانك اللهم أنت ربي حقا حقا سجدت لك يا ربي تعبدا ورقا اللهم إن عملي ضعيف فضاعفه لي .. اللهم قني عذابك يوم تبعث عبادك وتب عليّ انك أنت التواب الرحيم .. ما رواه أبو عبيدة الحذاء قال : سمعت أبا جعفر يقول وهو ساجد : أسألك بحق حبيبك محمد (صلى الله عليه واله) إلا بدلت سيئاتي حسنات وحاسبني حسابا يسيرا.

ثم قال  في السجدة الثانية : اسألك بحق حبيبك محمد (صلى الله عليه واله) إلا ما كفيتني مؤونة الدنيا وكل هول دون الجنة.

ثم قال في الثالثة : اسألك بحق حبيبك محمد لما غفرت الكثير من ذنوبي والقليل وقبلت مني العمل اليسير .

ثم قال في الرابعة : اسألك بحق حبيبك محمد (صلى الله عليه واله) لما ادخلتني الجنة وجعلتني من سكانها ولما نجيتني من سفعات النار برحمتك وصلى الله على محمد وآله وكشفت هذه الادعية عن شدة تعلقه بالله وعظيم انابته إليه وتمسكه بطاعته.