من العلوم التي تستند معرفتها وبرامجها إلى الإمام (عليه السلام) هو علم الطبيعة الفيزياء وهذه بعض نظرياته :  قال (عليه السلام) : وكلّ بصير غيره يعمى عن خفيّ الألوان ولطيف الاجسام.

إنّ كثيرا من الحيوانات لا ترى الألوان بل ترى الصور سوداء أو بيضاء فقط أمّا الإنسان فإنّه يرى الألوان السبعة التي هي ألوان الطيف المرئي والتي تنحصر أطول موجاتها بين ( 4 و0 ) مكرون البنفسجي و ( 8 و0 ) مكرون الأحمر  ؛ أمّا الأضواء التي تقع أطوال موجاتها خارج هذا المجال فإنّ الإنسان لا يراها ومنها الأشعة فوق البنفسجية والأشعة تحت الحمراء إذن فقدرة الإنسان البصرية محدودة , أمّا الله تعالى فهو يرى كلّ جسم وكلّ لون مهما كان نوعه أو لطافته وقد وجد بقدرة الله تعالى أنّ النحلة تستطيع أن تميّز بين أنواع الزهور وهي تطير في أعلى السماء .

وقال (عليه السلام) : في التّجارب علم مستأنف، فهو حقّا واضع الطريقة التجريبية في العلوم الطبيعية .

وهو بذلك يسبق بيكونقرونا الذي نسب إليه الغربيّون وضع الطريقة التجريبية أشار الإمام (عليه السلام) إلى الكهرباء الذي هو مفتاح التقدّم والتطوّر في حياة الإنسان فقد كان (عليه السلام) جالسا على نهر الفرات وبيده قضيب فضرب به على صفحة الماء وقال : لو شئت لجعلت لكم من الماء نورا ونارا .

وفي قوله (عليه السلام) دلالة إلى ما في الماء من طاقة يمكن أن تولّد النور وهو الكهرباء والنار وهو الطاقة الحرارية  وأنّا نجد في الماء عنصرين : هما الهيدروجين والأوكسجين.

الأوّل قابل للاحتراق وإعطاء النور والثاني يساعد على الاحتراق ويعطي الحرارة وأبعد من ذلك فإنّ وجود الماء الثقيل في الماء الطبيعي بنسبة 2 إلى 10000 يجعله أفضل مصدر طبيعي للهيدروجين الثقيل الذي نسمّيه الدوتيريوم وهذا النظير المشعّ هو حجر الأساس في تركيب القنبلة الهيدروجينيّة القائمة على اندماج ذرّتين من الدوتيريوم لتشكيل الهليوم علما بأنّ الطاقة الناتجة عن هذا الاندماج والتي هي منشأ طاقة الشمس تفوق آلاف المرّات الطاقة الناتجة عن القنبلة الذرية التي تقوم على انشطار اليورانيوم إنّ هذه المعاني الدقيقة والأسرار العميقة تضمّنها قول الإمام (عليه السلام) الذي هو باب مدينة علم النبيّ (صلى الله عليه واله) وهو القائل : بل اندمجت على مكنون علم لو بحت به لاضطربتم اضطراب الأرشية في الطّويّ البعيدة .