لما توجه أبوجعفر (عليه السلام) من بغداد منصرفا من عند المأمون ومعه أم الفضل قاصدا بها المدينة صار إلى شارع باب الكوفة ومعه الناس يشيعونه فانتهى إلى دار المسيب عند مغيب الشمس فنزل ودخل المسجد وكان في صحنه نبقة لم تحمل بعد فدعا بكوز فيه ماء فتوضأ في أصل النبقة وقام فصلى بالناس صلاة المغرب فقرأ في الأولى الحمد وإذ جاء نصر الله والفتح وقرأ في الثانية الحمد وقل هوالله أحد وقنت قبل ركوعه فيها وصلى الثالثة وتشهد وسلم ثم جلس هنيئة يذكر الله تعالى وقام من غير أن يعقب فصلى النوافل أربع ركعات وعقب بعدها وسجد سجدتي الشكر فلما انتهى إلى النبقة رآها الناس وقد حملت حملا حسنا فتعجبوا من ذلك وأكلوا منها فوجدوه نبقا حلواء لا عجم له وودعوه ومضى (عليه السلام) من وقته إلى المدينة فلم يزل بها إلى أن أشخصه المعتصم في أول سنة عشرين ومائتين إلى بغداد فأقام بها حتى توفي في آخر ذي القعدة من هذه السنة ودفن في ظهر جده أبي الحسن موسى (عليه السلام) .

وعن علي بن خالد قال كنت بالعسكر فبلغني أن هناك رجلا محبوسا أتي به من الشام مكبولا وقالوا إنه تنبأ قال فأتيت الباب ودفعت شيئا للبوابين حتى وصلت إليه فإذا رجل له فهم وعقل فقلت له يا هذا ما قضيتك قال إني كنت رجلا بالشام أعبد الله في الموضع الذي يقال إنه نصب فيه رأس الحسين (عليه السلام) فبينا أنا ذات ليلة في موضعي مقبل على المحراب أذكر الله تعالى إذ رأيت شخصا بين يدي فنظرت إليه فقال لي قم فقمت معه فمشى بي قليلا فإذا أنا في مسجد الكوفة فقال لي تعرف هذا المسجد فقلت نعم هذا مسجد الكوفة قال فصلى وصليت معه ثم انصرف وانصرفت معه ومشى قليلا فإذا نحن بمسجد الرسول (صلى الله عليه واله) فسلم على رسول الله (صلى الله عليه واله) وصلى وصليت معه ثم خرج وخرجت معه فمشى قليلا وإذا نحن بمكة فطاف بالبيت وطفت معه ثم خرج فمشى قليلا فإذا أنا بموضعي الذي كنت فيه أعبد الله بالشام وغاب الشخص عني فبقيت متعجبا حولا مما رأيت ؛ فلما كان في العام المقبل رأيت ذلك الشخص فاستبشرت به فدعاني فأجبته ففعل كما فعل في العام الماضي فلما أراد مفارقتي بالشام قلت له سألتك بالحق الذي أقدرك على ما رأيت منك إلا أخبرتني من أنت فقال أنا محمد بن علي بن موسى بن جعفر فحدثت من كان يصير إلي بخبره فرقي ذلك إلى محمد بن عبد الملك الزيات فبعث إلي من أخذني وكبلني في الحديد وحملني إلى العراق وحبست كما ترى وادعي علي المحال فقلت له فأرفع عنك قصة إلى محمد بن عبد الملك الزيات وشرحت أمره قال افعل فكتبت عنه قصة إلى محمد بن عبد الملك الزيات وشرحت أمره فيها ودفعتها إلى محمد فوقع في ظهرها قل للذي أخرجك من الشام في ليلة إلى الكوفة ومنها إلى المدينة ومنها إلى مكة ومنها إلى الشام أن يخرجك من حبسك هذا قال علي بن خالد فغمني ذلك من أمره ورققت له وانصرفت محروما عليه فلما كان من الغد باكرت الحبس لأعلمه بالحال وآمره بالصبر والعزاء فوجدت الجند وأصحاب الحرس وصاحب السجن وخلقا عظيما من الناس يهرجون فسألت عن حالهم فقيل إن محمول من الشام المتنبئ افتقد البارحة من الحبس فلا ندري أ خسفت الأرض أو اختطفته الطير وكان هذا الرجل أعني علي بن خالد زيديا فقال بالإمامة لما رأى ذلك وحسن اعتقاده .

وعن محمد بن علي الهاشمي قال دخلت على أبي جعفر محمد بن علي (عليه السلام) صبيحة عرسه ببنت المأمون وكنت تناولت من الليل دواء فأول من دخل عليه في صبيحته أنا وقد أصابني العطش وكرهت أن أدعُ بالماء فنظر أبوجعفر (عليه السلام) في وجهي وقال أراك عطشان قلت أجل قال يا غلام اسقنا ماء فقلت في نفسي الساعة يأتونه بماء مسموم واغتممت لذلك فأقبل الغلام ومعه الماء فتبسم في وجهي ثم قال يا غلام ناولني الماء فتناول فشرب ثم ناولني وتبسم فشربت وأطلت عنده فعطشت فدعا بالماء ففعل كما فعل في المرة الأولى وشرب ثم ناولني وتبسم قال محمد بن حمزة فقال لي محمد بن علي الهاشمي والله إني لأظن أن أبا جعفر يعلم ما في النفوس كما تقول الرافضة .