روى أن بعض عيون عيسى بن جعفر رفع إليه أنه سمعه كثيرا يقول في دعائه وهو محبوس عنده اللهم إنك تعلم أني كنت أسألك أن تفرغنى لعبادتك اللهم و قد فعلت فلك الحمد فوجه الرشيد من تسلمه عن عيسى بن جعفر و صير به إلى بغداد فسلم إلى الفضل بن الربيع فبقي عنده مدة طويلة فأراده الرشيد على شيء من أمره فأبى فكتب إليه بتسليمه إلى الفضل بن يحيى فتسلمه منه و جعله في بعض حجر دوره و وضع عليه الرصد و كان  مشغولا بالعبادة يحيي الليل كله صلاة و قراءة للقرآن و دعاء و اجتهادا و يصوم النهار في أكثر الأيام و لا يصرف وجهه عن المحراب فوسع عليه الفضل بن يحيى و أكرمه فاتصل ذلك بالرشيد و هو في الرقة فكتب إليه ينكر عليه توسيعه على موسى  و يأمره بقتله فتوقف عن ذلك و لم يقدم عليه  

فاغتاظ الرشيد لذلك و دعا مسرور الخادم فقال له اخرج على البريد في هذا الوقت إلى بغداد و ادخل من فورك على موسى بن جعفر فإن وجدته في دعة و رفاهية فأوصل هذا الكتاب إلى العباس بن محمد و مره بامتثال ما فيه و سلم إليه كتابا آخر إلى السندي بن شاهك يأمره بطاعة العباس بن محمد فقدم مسرور فنزل دار الفضل بن يحيى لا يدري أحد ما يريد ثم دخل على موسى بن جعفر فوجده على ما بلغ الرشيد فمضى من فوره إلى العباس بن محمد و السندي بن شاهك فأوصل الكتابين إليهما فلم يلبث الناس أن خرج الرسول يركض إلى الفضل بن يحيى فركب معه و خرج مشدوها دهشا حتى دخل على العباس فدعا العباس بسياط  و عقابين و أمر بالفضل فجرد و ضربه السندي بين يديه مائة سوط و خرج متغير اللون خلاف ما دخل و جعل يسلم على الناس يمينا و شمالا ؛ وكتب مسرور بالخبر إلى الرشيد فأمر بتسليم موسى (عليه السلام) إلى السندي بن شاهك وجلس الرشيد مجلسا حافلا و قال أيها الناس إن الفضل بن يحيى قد عصاني و خالف طاعتي و رأيت أن ألعنه فالعنوه فلعنه الناس من كل ناحية حتى ارتج البيت و الدار بلعنه و بلغ يحيى بن خالد الخبر فركب إلى الرشيد فدخل من غير الباب الذي يدخل الناس منه حتى جاءه من خلفه و هو لا يشعر ثم قال التفت يا أمير المؤمنين فأصغى إليه فزعا فقال له إن الفضل حدث و أنا أكفيك ما تريد ؛ فانطلق وجهه و سر و أقبل على الناس و قال إن الفضل كان قد عصاني في شيء فلعنته و قد تاب و أناب إلى طاعتي فتولوه فقالوا نحن أولياء من واليت و أعداء ما عاديت و قد توليناه ثم خرج يحيى بن خالد على البريد حتى وافى بغداد فهاج الناس و أرجفوا بكل شيء و أظهر أنه ورد لتعديل السواد و النظر في أمور العمال و تشاغل ببعض ذلك أياما ثم دعا السندي فأمره فيه بأمره فامتثله و كان الذي تولى به السندي قتله (عليه السلام) سما جعله في طعامه قدمه إليه و يقال إنه جعله في رطب أكل منه فأحس بالسم و لبث بعده ثلاثا موعوكا منه ثم مات في اليوم الثالث ؛ ولما مات موسى (عليه السلام) أدخل السندي بن شاهك الفقهاء و وجوه أهل بغداد و فيهم الهيثم بن عدي وغيره فنظروا إليه و لا أثر به من جراح و لا خنق و أشهدهم على أنه مات حتف أنفه فشهدوا على ذلك و أخرج و وضع على الجسر ببغداد و نودي هذا موسى بن جعفر قد مات فانظروا إليه فجعل الناس يتفرسون في وجهه و هو ميت (عليه السلام) .

وقد كان قوم زعموا في أيام موسى (عليه السلام) أنه هو القائم المنتظر و جعلوا حبسه هو الغيبة المذكورة للقائم فأمر يحيى بن خالد أن ينادى عليه عند موته هذا موسى بن جعفر الذي تزعم الرافضة أنه لا يموت فانظروا إليه فنظر الناس إليه ميتا ثم حمل و دفن في مقابر قريش من باب التين و كانت هذه المقبرة لبني هاش .

وروى أنه (عليه السلام) لما حضرته الوفاة سأل السندي أن يحضره مولى له مدنيا ينزل عند دار العباس بن محمد في مشرعة القصب ليتولى غسله و تكفينه ففعل ذلك .

قال السندي بن شاهك و كنت سألته في الإذن لي أن أكفنه و أبى و قال إنا أهل بيت مهمور نسائنا و حج صرورتنا و أكفان موتانا من طاهر أموالنا و عندي كفن و أريد أن يتولى غسلي و جهازي مولاي فلان فتولى ذلك منه قلت بعدا لهذه الأحلام الهافية و الأديان الواهية و العقائد المدخولة و النحل المجهولة و الأنفس الظالمة و الحركات الفاسدة و الأهواء الغالبة و الهمم القاصرة و السيرة القاسطة و الطبائع العادية و العقول الغائبة فلقد أتوها شنعاء شوهاء جذاء تبكي لها الأرض و السماء و أظلم منها النهار تجاوزت حدها الأقدار و لم يأت بمثلها الكفار هل عرفوا أي دم سفكوا و أي حرمة انتهكوا و بمن فتكوا حين فتكوا و كيف أساءوا حين ملكوا فما أبقى و لا تركوا لم يخافوا أن تميد بهم الأرض فتهلكهم بزلزالها و تحل بهم المنايا فتعركهم بثفالها أو تمطرهم السماء بالعذاب أو تسد عليهم أبواب الخير في الدنيا و لهم في الآخرة سوء الحساب أ لم يعلموا أنهم أراقوا دم النبي (صلى الله عليه واله) أ لم يخرقوا بفعلهم هذا حرمة الإسلام أ لم يعيدوها أموية أ لم ينصبوا جسد النبي  (صلى الله عليه واله)  كما نصبه أولئك ذرية أما فعل الأواخر بموسى كما فعل الأوائل بالحسين (عليه السلام) أما جهدوا جميعا في تشتيت الكلمة و تفريق ذات البين ما أشبه الفعل الأول بالآخر و ما أقرب نسبه الخافي إلى الظاهر ويحهم ثم هلا قنعوا بحبسه و لم يقدموا على إزهاق نفسه و تكوير شمسه هل أنكروا مجده و شرفه أو جهلوا قديمه و سلفه كلا و الله بل عرفوه و أنكروه و أساءوا إليه بعد ما اختبروه فأقدموا منه على ما يوجب سخط الله العظيم و العدول عن النهج القويم و الصراط المستقيم و الخلود في العذاب الأليم أ ما علموا أن الله ادخر للظالمين جحيما أ ما قرءوا { وَمَنْ يَقْتُلْ مُؤْمِنًا مُتَعَمِّدًا فَجَزَاؤُهُ جَهَنَّمُ خَالِدًا فِيهَا وَغَضِبَ اللَّهُ عَلَيْهِ وَلَعَنَهُ وَأَعَدَّ لَهُ عَذَابًا عَظِيمًا } [النساء: 93] أتراهم لم يعرفوا إيمانه و مذهبه و لا تحققوا أصله و نسبه بلى و الله و لكن حب الفانية أعمى القلوب و الأبصار و وطن الأنفس على دخول النار و لقد أذكرتني حاله (عليه السلام) بيتا أنشدنيه الصاحب الشهيد السعيد تاج الدين محمد بن نصر بن الصلايا الحسيني (قدس الله روحه) حين عد المماليك على الملك المعظم توران شاه بن الملك الصالح نجم الدين أيوب بن الملك الكامل ناصر الدين محمد بن العادل أبي بكر بن أيوب فقتلوه بمصر في محرم سنة ثمان و أربعين و ستمائة و ساعدهم على قتله اثنان من عبيده اسم أحدهما محسن و الآخر رشيد و هو:

و من عجب الدنيا إساءة محسن        وغي رشيد و امتهان معظم